NGS Browser

(Удалено) Визуализация и исследование выравниваний

Приложение удалено. Вместо этого используйте Genomics Viewer.

Описание

Приложение NGS Browser позволяет вам визуализировать и исследовать выравнивание показаний в ссылочной последовательности.

Вы можете:

  • Визуализируйте данные с коротким чтением, выровненные по нуклеотидной эталонной последовательности, и сравните несколько наборов данных, выровненных по отношению к общей эталонной последовательности.

  • Просмотрите покрытие различных областей ссылки последовательности.

  • Исследуйте качество и другие детали выровненных показаний.

  • Идентифицируйте полиморфизмы и визуализируйте вставки и удаления.

  • Извлеките функцию аннотации относительно определенной области ссылки последовательности.

NGS Browser app

Откройте приложение NGS Browser

  • MATLAB® Панель инструментов: На вкладке Apps, в разделе Computational Biology, нажмите значок приложения.

  • Командная строка MATLAB: Ввод ngsbrowser.

Примеры

расширить все

Создайте объект BioMap из файла с форматированием SAM.

b = BioMap('ex1.sam');

Отображение объекта в NGS Browser.

ngsbrowser(b)

Похожие примеры

Программное использование

расширить все

ngsbrowser открывает приложение NGS Browser.

ngsbrowser(biomapObj) импортирует объект BioMap biomapObj содержит информацию о выравнивании последовательности и открывает ее в приложении.

Вопросы совместимости

расширить все

Ошибки, начинающиеся в R2021a

См. также

Приложения

Введенный в R2011b
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте