plot (phytree)
Нарисуйте филогенетическое дерево
Синтаксис
plot(Tree)
plot(Tree, ActiveBranches)
H = plot(...)
plot(..., 'Type', TypeValue,
...)
plot(..., 'Orientation', OrientationValue,
...)
plot(..., 'Rotation', RotationValue,
...)
plot(..., 'BranchLabels', BranchLabelsValue,
...)
plot(..., 'LeafLabels', LeafLabelsValue,
...)
plot(..., 'TerminalLabels', TerminalLabelsValue,
...)
plot(..., 'LLRotation', LLRotationValue,
...)
Входные параметры
Tree | Филогенетический древовидный объект, созданный с помощью phytree функция конструктора. |
ActiveBranches | Логический массив размера |
TypeValue | Вектор символов или строка, задающая метод для рисования филогенетического дерева. Варианты:
|
OrientationValue | Вектор символов или строка, задающая положение корневого узла, и, следовательно, ориентацию филограммы или дерева кладограммы, когда
|
RotationValue | Скаляр между |
BranchLabelsValue | Управление отображением меток ветвей рядом с узлами ветви. Варианты |
LeafLabelsValue | Управление отображением меток листов рядом с узлами листов. Варианты
|
TerminalLabels | Управляет отображением меток клемм над метками деления на оси, когда |
LLRotationValue | Управляет поворотом меток листов так, чтобы текст выравнивался по корневому узлу, когда |
Выходные аргументы
H | Структура с указателями на семь элементов графика. Структура включает следующие поля:
Совет Используйте |
Описание
plot( рисует объект филогенетического дерева в рисунок в виде филограммы. Значительные расстояния между ветвями и узлами находятся в горизонтальном направлении. Вертикальные расстояния являются произвольными и не имеют никакого значения. Tree)
plot( скрывает неактивные ветви и все их потомки в окне рисунка. Tree, ActiveBranches)ActiveBranches - логический массив размера numBranches-by- 1 указывает активные ветви.
H = plot(...) возвращает структуру с указателями на семь элементов графика.
plot(..., 'Type', задает метод визуализации филогенетического дерева. Варианты являются следующими.TypeValue,
...)
| Тип визуализации | Описание |
|---|---|
'square' (по умолчанию) |
|
'angular' |
|
'radial' |
|
'equalangle' |
Совет Этот тип визуализации скрывает значимость корневого узла и подчеркивает кластеры, тем самым делая его полезным для визуальной оценки кластеров и обнаружения выбросов. |
'equaldaylight' |
Совет Этот тип визуализации скрывает значимость корневого узла и подчеркивает кластеры, тем самым делая его полезным для визуальной оценки кластеров и обнаружения выбросов. |
plot(..., 'Orientation', задает ориентацию корневого узла, и, следовательно, ориентацию филограммы или филогенетического дерева кладограммы в окне рисунка, когда OrientationValue,
...)'Type' свойство 'square' или 'angular'.
plot(..., 'Rotation', задает угол поворота (в степенях) филогенетического дерева в окне рисунка, когда RotationValue,
...)'Type' свойство 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Выбор является любым скаляром между 0 (по умолчанию) и 360.
plot(..., 'BranchLabels', скрывает или отображает метки ветвей рядом с узлами ветви. Варианты BranchLabelsValue,
...)true или false (по умолчанию).
plot(..., 'LeafLabels', скрывает или отображает метки листов рядом с узлами листов. Варианты LeafLabelsValue,
...)true или false. По умолчанию это:
true- Когда'Type'свойство'radial','equalangle', или'equaldaylight'false- Когда'Type'свойство'square'или'angular'
plot(..., 'TerminalLabels', скрывает или отображает метки клемм над метками деления на оси, когда TerminalLabelsValue,
...)'Type' свойство 'square' или 'angular'. Варианты true (по умолчанию) или false.
plot(..., 'LLRotation', управляет поворотом меток листов так, чтобы текст выравнивался по корневому узлу, когда LLRotationValue,
...)'Type' свойство 'radial', 'equalangle', или 'equaldaylight'. Варианты true или false (по умолчанию).
Примеры
% Create a phytree object from a file
tr = phytreeread('pf00002.tree')
% Plot the tree and return a structure with handles to the
% graphic elements of the phytree object
h = plot(tr,'Type','radial')
% Modify the font size and color of the leaf node labels % by using one of the handles in the return structure set(h.leafNodeLabels,'FontSize',6,'Color',[1 0 0])