probesetlookup

Проверьте информацию для набора зондов Affymetrix

Синтаксис

PSStruct = probesetlookup(AffyStruct, ID)

Входные параметры

`AffyStruct`	Структура, созданная `affyread` функция от Affymetrix^® CHP-файл или файл библиотеки Affymetrix CDF для экспрессионных анализов.
`ID`	Вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько идентификаторов/имен набора зондов или идентификаторов генов.

Выходные аргументы

PSStruct

Структура или массив структур, содержащий следующие поля для набора зондов:

Identifier - Идентификатор гена, сопоставленный с набором зондов
ProbeSetName - Идентификатор/имя набора зондов
CDFIndex - Индекс в структуру CDF для набора зондов
GINIndex - Индекс в структуру GIN для набора зондов
Description - Описание комплекта зондов
Source - Источник (ы) набора зондов
SourceURL - Исходный URL-адрес для набора зондов

Описание

PSStruct = probesetlookup(AffyStruct, ID) возвращает структуру или массив структур, содержащий информацию для набора зондов Affymetrix, заданный как ID, вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек из векторов символов, задающих один или несколько идентификаторов/имен или идентификаторов набора зондов, и по AffyStruct, структура, созданная из файла Affymetrix CHP или файла библиотеки Affymetrix CDF для экспрессионных анализов.

Примечание

Эта функция работает с файлами CHP и CDF-файлами только для экспрессионных анализов. Для этого требуется, чтобы файл библиотеки GIN, сопоставленный с файлом CHP или CDF-файлом, находился в той же папке, что и файл библиотеки CDF.

Примеры

В следующем примере используется файл библиотеки CDF из массива генома E. coli Antisense, который можно скачать из:

https://www.affymetrix.com/support/technical/sample_data/demo_data.affx

Следующий пример принимает, что Ecoli_ASv2.CDF файл библиотеки хранится в D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli.

Чтение содержимого файла библиотеки CDF в MATLAB^® структура.
```
cdfStruct = affyread('D:\Affymetrix\LibFiles\Ecoli\Ecoli_ASv2.CDF');
```

Проверьте идентификатор гена (Identifier), связанная со argG_b3172_at набор зондов.

probesetlookup(cdfStruct,'argG_b3172_at')

ans = 

      Identifier: '3315278'
    ProbeSetName: 'argG_b3172_at'
        CDFIndex: 5213
        GINIndex: 3074
     Description: [1x82 char]
          Source: 'NCBI EColi Genome'
       SourceURL: [1x74 char]

См. также

Представлено до R2006a

Документация