Постройте график набора значений интенсивности зонда Affymetrix
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
probesetplot(CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)
CELStruct | Структура, созданная affyread функция от Affymetrix® Файл CEL. |
CDFStruct | Структура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL. |
PS | Индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов. |
GeneNameValue | Определяет, используется ли имя набора зондов или гена в заголовок графика. Варианты true или false (по умолчанию).Примечание The |
FieldValue | Вектор символов или строка, задающая тип данных для построения графика. Варианты:
|
ShowStatsValue | Определяет, включены ли в график линии среднего и стандартного отклонений. Варианты true или false (по умолчанию). |
probesetplot( строит графики значений интенсивности PM (идеальное соответствие) и MM (несоответствие) для заданного набора зондов. CELStruct, CDFStruct, PS)CELStruct - структура, созданная affyread функция из файла Affymetrix CEL. CDFStruct - структура, созданная affyread функция из файла библиотеки Affymetrix CDF, сопоставленного с файлом CEL. PS - индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов.
Примечание
MATLAB® программное обеспечение использует 1индексация на основе для номеров наборов зондов, в то время как файл Affymetrix CDF использует 0- индексация на основе для номеров наборов зондов. Для примера, CDFStruct.ProbeSets(1) имеет ProbeSetNumber от 0 в ProbePairs поле.
пробетплот вызывает (CELStruct, CDFStruct, PS... 'PropertyName', PropertyValue, ...)probesetplot с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
probesetplot( определяет, используется ли для заголовка графика имя набора зондов или имя гена. Варианты CELStruct, CDFStruct, PS,
...'GeneName', GeneNameValue, ...)true или false (по умолчанию).
Примечание
The 'GeneName' свойство требует, чтобы файл библиотеки GIN, сопоставленный с CEL и CDF-файлами, находился в одной папке с файлом библиотеки CDF, из которого CDFStruct был создан.
probesetplot( задает тип данных для построения графика. Варианты: CELStruct, CDFStruct, PS,
...'Field', FieldValue, ...)
'Intensity' (по умолчанию)
'StdDev'
'Background'
'Pixels'
'Outlier'
probesetplot( определяет, включены ли в график линии среднего и стандартного отклонений. Варианты CELStruct, CDFStruct, PS,
...'ShowStats', ShowStatsValue, ...)true или false (по умолчанию).
Этот пример использует выборочные данные из массива генома E. coli Antisense. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT с помощью Data Transfer Tool.
Вам также нужно скачать Ecoli_ASv2.CDF файл библиотеки для массива генома E. coli Antisense. Возможно, у вас уже есть эти файлы, если на вашем компьютере установлено программное обеспечение Affymetrix GeneChip. Если нет, получите файлы библиотеки, загрузив и разархивировав zip-файл E. coli Antisense Genome Array.
Чтение содержимого файла CEL в структуру MATLAB.
celStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CEL');
Чтение содержимого CDF-файла в структуру MATLAB.
cdfStruct = affyread('C:\LibFiles\Ecoli_ASv2.CDF');
Постройте график PM и MM значения интенсивности argG_b3172_at набор зондов, включая среднее и стандартное отклонение.
probesetplot(celStruct, cdfStruct, 'argG_b3172_at','showstats', true)
affyread | celintensityread | probesetlink | probesetlookup | probesetvalues