probesetlink

Отображение информации о наборе зондов на веб-сайте NetAffx

Синтаксис

probesetlink(AffyStruct, PS) URL = probesetlink(AffyStruct, PS) probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Source', SourceValue, ...) probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Browser', BrowserValue, ...) URL = probesetlink(AffyStruct, PS, ...'NoDisplay', NoDisplayValue, ...)

Входные параметры

`AffyStruct`	Структура, созданная `affyread` функция от Affymetrix^® Файл CHP или файл библиотеки Affymetrix CDF.
`PS`	Индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов.
`SourceValue`	Управляет связыванием с источником данных (для примера, GenBank^® или Flybase) для набора зондов (вместо ссылки на NetAffx™ веб-сайт). Варианты `true` или `false` (по умолчанию). Примечание Для этого свойства требуется, чтобы файл библиотеки GIN, сопоставленный с CHP или CDF-файлом, находился в той же папке, что и файл библиотеки CDF.
`BrowserValue`	Управление отображением информации о наборе зондов в веб-браузере по умолчанию. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).
`NoDisplayValue`	Управляет возвратом `URL` без открытия веб-браузера. Варианты `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

URL URL-адрес для информации о наборе зондов.

Описание

probesetlink(AffyStruct, PS) открывает окно Web Browser, в котором отображается информация на веб-сайте NetAffx о наборе зондов, заданном PS, индекс набора зондов или идентификатор/имя набора зондов, и AffyStruct, структура, созданная из файла CHP Affymetrix или файла библиотеки Affymetrix CDF.

URL = probesetlink(AffyStruct, PS) также возвращает URL-адрес (ссылка на веб-сайт NetAffx) для информации о наборе зондов.

prodesetlink (AffyStruct, PS... 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает probesetlink с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Source', SourceValue, ...) управляет связью с источником данных (для примера, GenBank или Flybase) для набора зондов (вместо ссылки на веб-сайт NetAffx). Варианты true или false (по умолчанию).

Примечание

The 'Source' свойство требует, чтобы файл библиотеки GIN, сопоставленный с CHP или CDF-файлом, находился в той же папке, что и файл библиотеки CDF.

probesetlink(AffyStruct, PS, ...'Browser', BrowserValue, ...) управляет отображением информации о наборе зондов в веб-браузере по умолчанию. Варианты true или false (по умолчанию).

URL = probesetlink(AffyStruct, PS, ...'NoDisplay', NoDisplayValue, ...) управляет возвратом URL-адреса без открытия веб-браузера. Варианты true или false (по умолчанию).

Примечание

Веб-сайт NetAffx требует регистрации и предоставления имени пользователя и пароля.

Примеры

свернуть все

Отображение информации о наборе зондов на NetAffx™ веб-сайте

Открыть скрипт

Этот пример использует выборочные данные из массива генома E. coli Antisense. Загрузите данные из Demo_Data_E-coli-antisense.zip. Извлеките файлы данных из архива DTT с помощью Data Transfer Tool.

Вам также нужно скачать Ecoli_ASv2.CDF и Ecoli-antisense-121502.CHP файлы для массива генома E. coli Antisense. Возможно, у вас уже есть эти файлы, если на вашем компьютере установлено программное обеспечение Affymetrix GeneChip. Если нет, получите файлы библиотеки, загрузив и разархивировав zip-файл E. coli Antisense Genome Array.

Считайте содержимое файла CHP в структуру MATLAB, предполагая, что соответствующий CDF-файл сохранен в C:\LibFiles.

chpStruct = affyread('Ecoli-antisense-121502.CHP','C:\LibFiles');

Отображение информации с веб-сайта NetAffx для argG_b3172_at набор зондов.

probesetlink(chpStruct,'argG_b3172_at')

См. также

Документация