sffinfo

Возврат информации о файле SFF

Синтаксис

InfoStruct = sffinfo(File)

Описание

InfoStruct = sffinfo(File) возвращает MATLAB® структура, содержащая сводную информацию о файле формата стандартной Flowgram (SFF).

Входные параметры

File

Вектор символов или строка, указывающая имя файла или путь и имя файла SFF, произведенные версией 1.0 программного обеспечения для анализа данных системы Genome Sequencer из 454 Life Sciences®. Если вы задаете только имя файла, этот файл должен быть в пути поиска файлов MATLAB или в текущей папке.

Выходные аргументы

InfoStruct

Структура MATLAB, содержащая сводную информацию о файле SFF. Структура содержит следующие поля.

ОбластьОписание
FilenameИмя файла.
FileModDateДата изменения файла.
FileSizeРазмер файла в байтах.
Version Номер версии файла.
FlowgramCode Код формата, используемого для кодирования значений flow-грамм.
NumberOfReads Количество чтений последовательности в файле.
NumberOfFlowsPerRead Количество потоков для каждого считанного.
FlowCharsОсновы, используемые в каждом потоке.
KeySequence Вектор символов основ в ключевой последовательности.

Примеры

Файл SFF, SRR013472.sff, используемый в этом примере, не обеспечивается программным обеспечением Bioinformatics Toolbox™. Можно скачать выборку файлов SFF из:

https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/

Возвращает сводные данные содержимого файла SFF:

info = sffinfo('SRR013472.sff')

info = 

                Filename: 'SRR013472.sff'
             FileModDate: '23-Feb-2009 15:14:36'
                FileSize: 6632392
                 Version: [0 0 0 1]
            FlowgramCode: 1
           NumberOfReads: 3546
    NumberOfFlowsPerRead: 440
               FlowChars: [1x440 char]
             KeySequence: 'TCAG'

См. также

| | | | | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2009b

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте