fastawrite

Запись в файл в формате FASTA

Синтаксис

fastawrite(File, Data) fastawrite(File, Header, Sequence)

Аргументы

`File`	Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла для сохранения форматированных FASTA данных. Если вы задаете только имя файла, `fastawrite` сохраняет файл в MATLAB^® Текущая папка. Если вы задаете существующий файл, `fastawrite` добавляет данные к файлу вместо перезаписи файла.
`Data`	Любое из следующих: Вектор символов или строка, содержащая последовательность Структура MATLAB, содержащая поля `Header` и `Sequence` Структура MATLAB, содержащая информацию о последовательности от GenBank^® или база данных GenPept, например, возвращенная `genbankread`, `getgenbank`, `genpeptread`, или `getgenpept`. Символьный массив, где каждая строка является последовательностью.
`Header`	Вектор символов или строка, содержащая информацию заголовка о последовательности. Этот текст появляется в заголовке файла в формате FASTA, `File`.
`Sequence`	Вектор символов или строка, содержащая аминокислотную или нуклеотидную последовательность с использованием стандартной буквы IUB/IUPAC или целочисленных кодов. Список допустимых символов см. в Amino Acid Lookup или Nucleotide Lookup.

Описание

fastawrite(File, Data) записывает содержимое Data на File, файл в формате FASTA. Если вы задаете существующий файл в формате FASTA,fastawrite добавляет данные к файлу вместо перезаписи файла. Для спецификаций FASTA-формата посетите https://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/fasta.shtml.

fastawrite(File, Header, Sequence) записывает указанный заголовок и информацию о последовательности в File, файл в формате FASTA.

Совет

Чтобы добавить данные в формате FASTA к существующему файлу, просто укажите это имя файла. fastawrite добавляет данные в конец файла.

Если вы используете fastawrite в скрипте можно отключить предупреждение о добавлении путем ввода следующих командных строк перед fastawrite команда:

warnState = warning %Save the current warning state
warning('off','Bioinfo:fastawrite:AppendToFile');

Затем введите следующую командную строку после fastawrite команда:

warning(warnState) %Reset warning state to previous settings

Примеры

Пример 8. Запись области кодирования в FASTA-форматированный файл

Извлеките последовательность для гена p53 человека из базы данных GenBank.
```
seq = getgenbank('NM_000546');
```
Считайте координаты области кодирования в линии CDS.
```
start = seq.CDS.indices(1)

start =

   198

stop = seq.CDS.indices(2)

stop =

   1379
```
Извлеките область кодирования.
```
codingSeq = seq.Sequence(start:stop);
```
Запишите область кодирования в файл с форматированием FASTA, задав Coding region for p53 для заголовка в файле и p53coding.txt для имени файла.
```
fastawrite('p53coding.txt','Coding region for p53',codingSeq);
```

Пример 9. Сохранение нескольких последовательностей в FASTA-форматированный файл

Запишите две нуклеотидные последовательности в структуру MATLAB, содержащую поля Header и Sequence.
```
data(1).Sequence = 'ACACAGGAAA';
data(1).Header = 'First sequence';
data(2).Sequence = 'ACGTCAGGTC';
data(2).Header = 'Second sequence';
```
Запишите последовательности в файл с форматированием FASTA, задав my_sequences.txt для имени файла.
```
fastawrite('my_sequences.txt', data)
```

Отображение файла в формате FASTA, my_sequences.txt.

type('my_sequences.txt')

>First sequence
ACACAGGAAA

>Second sequence
ACGTCAGGTC

Пример 10. Добавление последовательностей к форматированному FASTA файлу

Если вы еще не сделали этого, создайте файл в формате FASTA, my_sequences.txt, описанная ранее.
Добавьте третью последовательность к файлу.
```
fastawrite('my_sequences.txt','Third sequence','TACTGACTTC')
```

Отображение файла в формате FASTA, my_sequences.txt.

type('my_sequences.txt')

>First sequence
ACACAGGAAA

>Second sequence
ACGTCAGGTC

>Third sequence
TACTGACTTC

См. также

Представлено до R2006a

Документация