Запись в файл в формате FASTQ
fastqwrite(File, FASTQStruct)
fastqwrite(File, Header, Sequence, Qual)
fastqwrite( записывает содержимое MATLAB® структура или массив структур в FASTQ-форматированный файл. Если вы задаете существующий файл в формате FASTQ, File, FASTQStruct)fastqwrite добавляет данные к файлу вместо перезаписи файла.
fastqwrite( записывает заголовок, последовательность и информацию о качестве в FASTQ-форматированный файл.File, Header, Sequence, Qual)
Совет
Чтобы добавить данные в формате FASTQ к существующему файлу, просто укажите это имя файла. fastqwrite добавляет данные в конец файла.
Если вы используете fastqwrite в скрипте можно отключить предупреждение о добавлении путем ввода следующих командных строк перед fastqwrite команда:
warnState = warning %Save the current warning state
warning('off','Bioinfo:fastqwrite:AppendToFile'); fastqwrite команда:warning(warnState) %Reset warning state to previous settings
|
Вектор символов или строка, задающая имя файла или путь и имя файла для сохранения данных в формате FASTQ. Если вы задаете только имя файла, |
|
Структура MATLAB или массив структур, содержащий поля |
|
Вектор символов или строка, содержащая информацию заголовка о нуклеотидной последовательности. Этот текст появляется в заголовке файла в формате FASTQ, |
|
Вектор символов или строка, содержащая нуклеотидную последовательность с использованием стандартной буквы IUB/IUPAC или целочисленных кодов. Список допустимых символов см. в Amino Acid Lookup или Nucleotide Lookup. |
|
Вектор символов или строка, содержащая представление ASCII счетов качества по основаниям для нуклеотидной последовательности. |
Запись нескольких последовательностей в файл FASTQ из массива структур:
% Read the contents of a FASTQ-formatted file into
% an array of structures
reads = fastqread('SRR005164_1_50.fastq');
% Create another array of structures for the first five reads
reads5 = reads(1:5);
% Write the first five reads to a separate FASTQ-formatted file
fastqwrite('fiveReads.fastq', reads5)Запись одной последовательности в файл FASTQ из отдельных переменных:
% Create separate variables for the header, sequence, and
% quality information of a nucleotide sequence
h = 'MYSEQ-000_1_1_1_953_493';
s = 'GTTACCATGATGTTATTTCTTCATTTGGAGGTAAAA';
q = ']]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]]T]]]]RJRZTQLOA';
% Write the information to a FASTQ-formatted file
fastqwrite('oneRead.fastq', h, s, q)BioIndexedFile | BioRead | fastainfo | fastaread | fastawrite | fastqinfo | fastqread | fastqwrite | saminfo | samread | sffinfo | sffread