Импорт и экспорт данных
Импортируйте данные о последовательности от общедоступных репозиториев и локальных файловых систем, включая FASTA, GenBank, GenPept, EMBL, BLAST, PDB, PFAM, ClustalW, GCG, PHYLIP, Newick и FASTQ; запишите в различные форматы, включая FASTA, PDB и Newick
Функции
fastainfo | Возвратите информацию о файле FASTA |
fastaread | Считайте данные из файла FASTA |
fastawrite | Запишите в файл с помощью формата FASTA |
genbankread | Считайте данные из файла GenBank |
getgenbank | Получите информацию о последовательности из базы данных GenBank |
genpeptread | Считайте данные из файла GenPept |
getgenpept | Получите информацию о последовательности из базы данных GenPept |
emblread | Считайте данные из файла EMBL |
getembl | Получите информацию о последовательности из базы данных EMBL |
pdbread | Считайте данные из файла Банка данных белка (PDB) |
pdbwrite | Запишите в файл с помощью формата Банка данных белка (PDB) |
getpdb | Получите данные о структуре белка от базы данных Protein Data Bank (PDB) |
fastqinfo | Возвратите информацию о файле FASTQ |
fastqread | Считайте данные из файла FASTQ |
fastqwrite | Запишите в файл с помощью формата FASTQ |
multialignread | Считайте несколько файл выравнивания последовательности |
multialignwrite | Запишите нескольким выравнивание в файл |
pfamhmmread | Считайте данные из PFAM отформатированный HMM файл |
gethmmprof | Получите профиль скрытой модели Маркова (HMM) из базы данных PFAM |
gethmmtree | Получите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM |
gethmmalignment | Получите несколько выравнивание последовательности, сопоставленное с профилем скрытой модели Маркова (HMM) от базы данных PFAM |
phytreeread | Считайте филогенетический древовидный файл |
phytreewrite | Запишите филогенетический древовидный объект в Newick-отформатированный файл |
Темы
Исследование последовательности нуклеотида Используя командную строку
Начиная с последовательности ДНК вычислите статистику для содержимого нуклеотида.
Исследование последовательности нуклеотида Используя приложение Sequence Viewer
Используйте графический интерфейс для функций последовательности.
Доступ к онлайновым базам данных и репозиториям с помощью различного MATLAB® функции и импортируют данные к рабочей области для последующих анализов.
