Считайте нуклеотиды в последовательности
NTStruct = basecount(SeqNT)
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Gaps', GapsValue, ...)
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Chart', ChartValue, ...)
SeqNT | Одно из следующего:
|
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать неоднозначные символы нуклеотида (
|
GapsValue | Задает, считаются ли разрывы, обозначенные дефисом ( |
ChartValue | Вектор символов или строка, задающая тип диаграммы. Выбором является |
NTStruct | Структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля A, C, G и T. |
NTStruct = basecount(SeqNT)SeqNT, последовательности нуклеотида, и возвращает количества в NTStruct, структура MATLAB 1 на 1, содержащая поля A, C, G и T.
Символьный U добавляется к полю T.
Неоднозначные символы нуклеотида (R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, или N), и разрывы, обозначенные дефисом (-), проигнорированы по умолчанию.
Нераспознанные символы проигнорированы и вызывают следующее предупреждающее сообщение.
Warning: Unknown symbols appear in the sequence. These will be ignored.
NTStruct = basecount(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) basecount с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V или N). Выбор:
'ignore' (значение по умолчанию)
'bundle'
'prorate'
'individual'
'warn'
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Gaps', GapsValue, ...)-), или игнорируются. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
NTStruct = basecount(SeqNT,
...'Chart', ChartValue, ...)ChartValue может быть 'pie' или 'bar'.
aacount | baselookup | codoncount | cpgisland | dimercount | nmercount | ntdensity | seqviewer
