cpgisland
Найдите острова CpG в последовательности DNA
Синтаксис
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Window', WindowValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'MinIsland', MinIslandValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'GCmin', GCminValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'CpGoe', CpGoeValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Plot', PlotValue, ...)
Входные параметры
SeqDNA | Одно из следующего:
Допустимые символы включают
|
WindowValue | Целое число, задающее размер окна для вычисления содержимого GC и отношений CpGobserved/CpGexpected. Значением по умолчанию являются основы 100. Меньший размер окна увеличивает шум в графике. |
MinIslandValue | Целое число, задающее минимальное количество последовательных отмеченных основ, чтобы сообщить как остров CpG. Значением по умолчанию являются основы 200. |
GCminValue | Значение, задающее минимальный процент GC в окне, должно было отметить основу. Выбором является значение между 0 и 1. Значением по умолчанию является 0.5. |
CpGoeValue | Значение, задающее минимальное отношение CpGobserved/CpGexpected в каждом окне, должно было отметить основу. Выбором является значение между CPGobs/CpGexp = (NumCpGs*Length)/(NumGs*NumCs) |
PlotValue | Управляет графическим выводом содержимого GC, содержимого CpGoe, острова CpG, больше, чем минимальный островной размер и все потенциальные острова CpG для заданных критериев. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
Выходные аргументы
cpgStruct | Структура MATLAB, содержащая запуск и конечные основы островов CpG, больше, чем минимальный островной размер. |
Описание
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA)SeqDNA, последовательность нуклеотида DNA, для островов CpG с содержимым GC, больше, чем % 50 и отношение CpGobserved/CpGexpected, больше, чем % 60. Это отмечает основы, соответствующие этому критерии в движущемся окне основ DNA 100, и затем возвращает результаты в cpgStruct, структура MATLAB, содержащая запуск и конечные основы островов CpG, больше, чем минимальный островной размер основ 200.
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) cpgisland с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает размер окна для вычисления содержимого GC и отношений CpGobserved/CpGexpected. Значением по умолчанию являются основы cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Window', WindowValue, ...)100. Меньший размер окна увеличивает шум в графике.
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'MinIsland', MinIslandValue, ...)200.
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'GCmin', GCminValue, ...)0 и 1. Значением по умолчанию является 0.5.
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'CpGoe', CpGoeValue, ...)0 и 1. Значением по умолчанию является 0.6. Это отношение задано как:
CPGobs/CpGexp = (NumCpGs*Length)/(NumGs*NumCs)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Plot', PlotValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Примеры
Импортируйте последовательность нуклеотида из базы данных GenBank®. Например, получите последовательность из хромосомы Человека разумного 12.
S = getgenbank('AC156455');Вычислите острова CpG в последовательности и постройте результаты.
cpgisland(S.Sequence,'PLOT',true) ans = Starts: [4510 29359] Stops: [5468 29604]Острова CpG, больше, чем 200 основ в длине, перечислены, и график отображается.
