Класс: GTFAnnotation
Создайте структуру, содержащую подмножество данных из GTFAnnotation
объект
AnnotStruct = getData(AnnotObj)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)
возвращает AnnotStruct
= getData(AnnotObj
)AnnotStruct
, массив структур, содержащих данные из всех элементов в AnnotObj
. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames
свойство AnnotObj
.
возвращает AnnotStruct
= getData(AnnotObj
,StartPos
,EndPos
)AnnotStruct
, массив структур, содержащих данные из подмножества элементов в AnnotObj
это находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos
и EndPos
.
возвращает AnnotStruct
= getData(AnnotObj
,Subset
)AnnotStruct
, массив структур, содержащих подмножество данных из AnnotObj
заданный Subset
, вектор из целых чисел.
возвращает AnnotStruct
= getData(___,Name,Value
)AnnotStruct
, массив структур, с помощью любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задан одним или несколькими Name,Value
парные аргументы.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Вектор из положительных равных целых чисел или меньше, чем количество записей в объекте. Используйте векторный |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в
Значение по умолчанию: |
|
Массив структур, содержащих данные из элементов в
|
Создайте a GTFAnnotation
объект с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Извлеките данные об аннотации для положений 668 000 - 680 000 от ссылочной последовательности.
AnnotStruct1 = getData(GTFAnnotObj,668000,680000)
AnnotStruct1 = 18x1 struct array with fields: Reference Start Stop Feature Gene Transcript Source Score Strand Frame Attributes
Извлеките первые пять аннотаций из объекта.
AnnotStruct2 = getData(GTFAnnotObj,[1:5]) AnnotStruct2 = 5x1 struct array with fields: Reference Start Stop Feature Gene Transcript Source Score Strand Frame Attributes
Используя getdata
создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным об аннотации, чем объект.
Можно получить доступ ко всем значениям полей в структуре.
Можно не только извлечь значения полей, но также и присвоить и удалить значения.
Можно использовать линейную индексацию, чтобы получить доступ к значениям полей определенных аннотаций. Например, можно получить доступ к значению запуска только пятой аннотации.
getData (GTFAnnotation)
| getFeatureNames (GTFAnnotation)
| getGeneNames (GTFAnnotation)
| getGenes (GTFAnnotation)
| getIndex (GTFAnnotation)
| getRange (GTFAnnotation)
| getReferenceNames (GTFAnnotation)
| getSegments (GTFAnnotation)
| getSubset (GTFAnnotation)
| getTranscripts (GTFAnnotation)
| GFFAnnotation
| GTFAnnotation