Класс: GTFAnnotation
Получите область значений аннотаций от GTFAnnotation
объект
Range = getRange(AnnotObj)
возвращает Range
= getRange(AnnotObj
)Range
, 1 2 числовой массив, задающий минимальные и максимальные положения в ссылочной последовательности, охвачен аннотациями в AnnotObj
.
|
Объект |
|
1 2 числовой массив, задающий минимальные и максимальные положения в ссылочной последовательности, охвачен аннотациями в |
Создайте a GTFAnnotation
объект из отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™, и затем возвращает область значений аннотаций функции:
% Construct a GTFAnnotation object from a GTF file GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf'); % Return first and last positions of reference associated with feature annotations range = getRange(GTFAnnotObj)
range = 41609 1371382
Используйте getSubset
метод с Reference
пара "имя-значение", чтобы возвратить a GFFAnnotation
объект, содержащий только одну ссылочную последовательность. Затем используйте этот объект из подмножества, как введено для getRange
метод.
getData (GTFAnnotation)
| getFeatureNames (GTFAnnotation)
| getGeneNames (GTFAnnotation)
| getGenes (GTFAnnotation)
| getIndex (GTFAnnotation)
| getRange (GTFAnnotation)
| getReferenceNames (GTFAnnotation)
| getSegments (GTFAnnotation)
| getSubset (GTFAnnotation)
| getTranscripts (GTFAnnotation)
| GFFAnnotation
| GTFAnnotation