Класс: GTFAnnotation
Возвратите массив индекса аннотаций от GTFAnnotation
объект
Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)
возвращает массив индекса Idx
= getIndex(AnnotObj
)Idx
, массив целых чисел, содержащих индекс каждой аннотации в AnnotObj
.
возвращает массив индекса Idx
= getIndex(AnnotObj
,StartPos
,EndPos
)Idx
для подмножества элементов, которое находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos
и EndPos
.
возвращает массив индекса Idx
= getIndex(___,Name,Value
)Idx
, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value
парные аргументы.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы включать ее индекс в
Значение по умолчанию: |
|
Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в |
Создайте a GTFAnnotation
объект с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Извлеките индексы аннотаций для положений 210 000 - 220 000 от ссылочной последовательности.
Idx = getIndex(GTFAnnotObj,210000,220000) Idx = 7 15 16 17 36 47 48 49 69 70 71 89 99 111 112 113
getData (GTFAnnotation)
| getFeatureNames (GTFAnnotation)
| getGeneNames (GTFAnnotation)
| getGenes (GTFAnnotation)
| getIndex (GTFAnnotation)
| getRange (GTFAnnotation)
| getReferenceNames (GTFAnnotation)
| getSegments (GTFAnnotation)
| getSubset (GTFAnnotation)
| getTranscripts (GTFAnnotation)
| GFFAnnotation
| GTFAnnotation