getIndex

Класс: GTFAnnotation

Возвратите массив индекса аннотаций от GTFAnnotation объект

Синтаксис

Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)

Описание

Idx = getIndex(AnnotObj) возвращает массив индекса Idx, массив целых чисел, содержащих индекс каждой аннотации в AnnotObj.

Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos) возвращает массив индекса Idx для подмножества элементов, которое находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos и EndPos.

Idx = getIndex(___,Name,Value) возвращает массив индекса Idx, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value парные аргументы.

Входные параметры

AnnotObj

Объект GTFAnnotation класс.

StartPos

Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целочисленный StartPos должно быть меньше чем или равно EndPos.

EndPos

Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целочисленный EndPos должен быть больше или быть равен StartPos.

Аргументы в виде пар имя-значение

Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value аргументы. Name имя аргумента и Value соответствующее значение. Name должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN.

'Reference'

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в AnnotObj. Только индексы аннотаций, поле ссылки которых совпадает с одной из заданных ссылок, включены в Idx.

'Feature'

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в AnnotObj. Только индексы аннотаций, поле функции которых совпадает с одной из заданных функций, включены в Idx.

'Gene'

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в AnnotObj. Только аннотации, генное поле которых совпадает с одним из заданных генов, включены в AnnotStruct.

'Transcript'

Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в AnnotObj. Только аннотации, поле расшифровки стенограммы которых совпадает с одной из заданных расшифровок стенограммы, включены в AnnotStruct.

'Overlap'

Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы включать ее индекс в Idx. Это значение может быть любым следующим:

  • Положительное целое число

  • 'full' — Аннотация должна полностью содержаться в области значений, которая будет включена.

  • 'start' — Положение запуска аннотации должно лечь в области значений, которая будет включена.

Значение по умолчанию: 1

Выходные аргументы

Idx

Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в AnnotObj.

Примеры

Пример 26. Получите индексы аннотаций от объекта GTFAnnotation

Создайте a GTFAnnotation объект с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.

GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Извлеките индексы аннотаций для положений 210 000 - 220 000 от ссылочной последовательности.

Idx = getIndex(GTFAnnotObj,210000,220000)

Idx =

     7
    15
    16
    17
    36
    47
    48
    49
    69
    70
    71
    89
    99
   111
   112
   113
Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте