Класс: GTFAnnotation
Создайте объект, содержащий подмножество элементов от GTFAnnotation
объект
NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos)
NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset)
NewObj = getSubset(___,Name,Value)
возвращает NewObj
= getSubset(AnnotObj
,StartPos
,EndPos
)NewObj
, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj
это находится в пределах каждого ссылочного диапазона последовательности, указанного StartPos
и EndPos
.
возвращает NewObj
= getSubset(AnnotObj
,Subset
)NewObj
, новый объект, содержащий подмножество элементов, задан Subset
, вектор из целых чисел.
возвращает NewObj
= getSubset(___,Name,Value
)NewObj
, новый объект, содержащий подмножество элементов от AnnotObj
, использование любого из входных параметров от предыдущих синтаксисов и дополнительных опций задано одним или несколькими Name,Value
парные аргументы.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, задающее запуск области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, задающее конец области значений в каждой ссылочной последовательности в |
|
Вектор из положительных целых чисел, меньше чем или равных количеству записей в объекте. Используйте векторный |
Задайте дополнительные разделенные запятой пары Name,Value
аргументы. Name
имя аргумента и Value
соответствующее значение. Name
должен появиться в кавычках. Вы можете задать несколько аргументов в виде пар имен и значений в любом порядке, например: Name1, Value1, ..., NameN, ValueN
.
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько ссылочных последовательностей в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько функций в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий один или несколько генов в |
|
Вектор символов, строка, представляет в виде строки вектор или массив ячеек из символьных векторов, задающий одну или несколько расшифровок стенограммы в |
|
Минимальное количество основных положений, которые аннотация должна перекрыть в области значений, чтобы быть включенной в
Значение по умолчанию: |
|
Объект |
Создайте a GTFAnnotation
объект с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox™.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Создайте подмножество данных, содержащих только функции CDS.
subsetGTF = getSubset(GTFAnnotObj,'Feature','CDS')
subsetGTF = GTFAnnotation with properties: FieldNames: {1x11 cell} NumEntries: 92
Создайте a GTFAnnotation
объект с помощью отформатированного GTF файла, которому предоставляют Bioinformatics Toolbox.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Получите подмножество данных сначала к пятым элементам GTFAnnotObj
.
subsetGTF1 = getSubset(GTFAnnotObj,[1:5]) subsetGTF1 = GTFAnnotation with properties: FieldNames: {1x11 cell} NumEntries: 5
Получите только первые, пятые и восьмые элементы GTFAnnotObj
.
subsetGTF2 = getSubset(GTFAnnotObj,[1 5 8]) subsetGTF2 = GTFAnnotation with properties: FieldNames: {1x11 cell} NumEntries: 3
getSubset
метод выбирает аннотации из диапазона, указанного StartPos
и EndPos
для каждой ссылочной последовательности в AnnotObj
если вы не используете 'Reference'
аргумент пары "имя-значение", чтобы ограничить ссылочные последовательности.
После создания объекта из подмножества можно получить доступ к количеству записей, области значений ссылочных последовательностей, охваченных аннотациями, именами полей и ссылочными именами. Чтобы получить доступ к значениям всех полей, создайте структуру данных с помощью getData
метод.
getData (GTFAnnotation)
| getFeatureNames (GTFAnnotation)
| getGeneNames (GTFAnnotation)
| getGenes (GTFAnnotation)
| getIndex (GTFAnnotation)
| getRange (GTFAnnotation)
| getReferenceNames (GTFAnnotation)
| getSegments (GTFAnnotation)
| getSubset (GTFAnnotation)
| getTranscripts (GTFAnnotation)
| GFFAnnotation
| GTFAnnotation