Exponenta Banner
exponenta event banner

класс bioma.ExpressionSet

Пакет: биома
Суперклассы:

Содержат данные эксперимента по экспрессии генов микрочипов

развернуть все на странице

Описание

Класс ExpressionSet предназначен для того, чтобы содержать данные эксперимента по экспрессии генов микрочипов, включая значения экспрессии, метаданные образцов и признаков, а также информацию об экспериментальных методах и условиях. Он обеспечивает удобный способ хранения связанной информации об эксперименте по экспрессии генов микрочипов в одной структуре данных (объекте). Он также позволяет управлять данными и подбирать их.

Класс ExpressionSet включает свойства и методы, которые позволяют получать, извлекать и изменять данные, метаданные и другую информацию об эксперименте экспрессии генов микрочипов. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных.

Строительство

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(Data) создает объект ExpressionSet, из Data, числовая матрица, объект DataMatrix или объект ExptData, который содержит один или несколько объектов DataMatrix с одинаковыми размерами, именами строк и именами столбцов.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(Data, {DMobj1, Name1}, {DMobj2, Name2}, ...) создает объект ExpressionSet, из Dataи дополнительные объекты DataMatrix с указанными именами элементов. Все объекты DataMatrix должны иметь одинаковые размеры, имена строк и имена столбцов.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, указанных как пары имя/значение свойства.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'SData', SDataValue) включает объект MetaData, содержащий образцы метаданных в объекте ExpressionSet.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'FData', FDataValue) включает объект MetaData, содержащий метаданные элемента микрочипа в объекте ExpressionSet.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'EInfo', EInfoValue) включает объект MIAME, содержащий информацию эксперимента, в объект ExpressionSet.

Входные аргументы

Data

Любое из следующих действий:

  • Числовая матрица

  • Объект DataMatrix

  • объект ExptData, содержащий один или несколько объектов DataMatrix, имеющих одинаковые измерения.

Если предоставляется объект DataMatrix, bioma.ExpressionSet создает из него объект ExptData и называет объект DataMatrix Expressions. Если предоставляется объект ExptData, bioma.ExpressionSet переименовывает первый объект DataMatrix в объекте ExptData в Expressions, если другой объект DataMatrix в объекте ExptData уже не назван Expressions.

DMobj#

Имя переменной объекта DataMatrix. Каждый объект DataMatrix должен иметь те же размеры, что и Data.

Name#

Символьный вектор или строка, указывающая имя элемента для соответствующего объекта DataMatrix. Каждый объект DataMatrix в объекте ExpressionSet имеет имя элемента. По крайней мере один объект DataMatrix в объекте ExpressionSet имеет имя элемента Expressions. По умолчанию это первый объект DataMatrix.

SDataValue

Имя переменной объекта MetaData, содержащего образцы метаданных для эксперимента. Имя переменной должно существовать в рабочей области MATLAB ®.

FDataValue

Имя переменной объекта MetaData, содержащего метаданные элемента микрочипа для эксперимента. Имя переменной должно существовать в рабочей области MATLAB.

EInfoValue

Имя переменной объекта MIAME, содержащее информацию о методах и условиях эксперимента. Имя переменной должно существовать в рабочей области MATLAB.

Свойства

NElements

Количество элементов в эксперименте

Положительное целое число, указывающее количество элементов (объектов DataMatrix) в данных эксперимента. Это значение эквивалентно количеству объектов DataMatrix в объекте PortingSet. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NFeatures

Количество элементов в эксперименте

Положительное целое число, указывающее количество элементов в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в каждом объекте DataMatrix в объекте PortingSet. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NSamples

Количество образцов в эксперименте

Положительное целое число, указывающее количество образцов в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в каждом объекте DataMatrix в объекте PortingSet. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Методы

резюмеИзвлечение или установка абстрактного описания эксперимента в объекте ExpressionSet
elementDataИзвлечение или установка элемента данных (объекта DataMatrix) в объекте ExpressionSet
elementNamesПолучение или установка имен элементов объектов DataMatrix в объекте ExpressionSet
exprWriteЗапись значений выражений из объекта ExpressionSet в текстовый файл
выраженияИзвлечь или установить Expressions Объект DataMatrix из объекта ExpressionSet
exptDataПолучение или установка данных эксперимента в объекте ExpressionSet
exptInfoПолучение или установка информации эксперимента в объекте ExpressionSet
featureDataИзвлечение или установка метаданных элемента в объекте ExpressionSet
featureNamesПолучение или установка имен элементов в объекте ExpressionSet
featureVarDescИзвлечение или установка описаний переменных элементов в объекте ExpressionSet
featureVarNamesПолучение или установка имен переменных элементов в объекте ExpressionSet
featureVarValuesИзвлечение или установка значений переменных элемента в объекте ExpressionSet
pubMedIDПолучение или установка идентификаторов PubMed в объекте ExpressionSet
sampleDataИзвлечение или установка образцов метаданных в объекте ExpressionSet
sampleNamesПолучение или установка имен образцов в объекте ExpressionSet
sampleVarDescИзвлечение или установка описаний переменных-образцов в объекте ExpressionSet
sampleVarNamesПолучение или установка имен переменных-образцов в объекте ExpressionSet
sampleVarValuesИзвлечение или установка значений переменной-образца в объекте ExpressionSet
размерВозвращаемый размер объекта ExpressionSet

Иерархия экземпляров

Объект ExpressionSet содержит объект ExptData, два объекта MetaData и объект MIAME. Эти объекты могут быть пустыми.

Признаки

Сведения об атрибутах классов см. в разделе Атрибуты классов.

Копирование семантики

Значение. Сведения о том, как это влияет на использование класса, см. в разделе Копирование объектов.

Индексация

Объекты ExpressionSet поддерживают индексирование 2-D скобками () для извлечения, назначения и удаления данных.

Объекты ExpressionSet не поддерживают:

  • Точка. индексация

  • Индексирование фигурной скобки {}

  • Линейная индексация

Примеры

свернуть все

В этом примере показано, как создать объект ExpressionSet. mouseExprsData.txt файл, используемый в этом примере, содержит данные Hovatta et al., 2005.

Импортируйте пакет bioma.data, чтобы сделать функцию конструктора доступной.

import bioma.data.*

Создайте объект DataMatrix из файла .txt, содержащего значения выражений из эксперимента с микрочипами.

dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');

Создайте объект ExptData.

EDObj = ExptData(dmObj)
EDObj = 

Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Создайте объект MetaData из файла .txt.

MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#')
MDObj2 = 

Sample Names:
    A, B, ...,Z (26 total)
Variable Names and Meta Information:
              VariableDescription                         
    Gender    ' Gender of the mouse in study'             
    Age       ' The number of weeks since mouse birth'    
    Type      ' Genetic characters'                       
    Strain    ' The mouse strain'                         
    Source    ' The tissue source for RNA collection'

Создайте структуру MATLAB, содержащую данные серии GEO.

geoStruct = getgeodata('GSE4616');

Создайте объект MIAME.

MIAMEObj = MIAME(geoStruct)
MIAMEObj = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,Kivelä
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Импорт пакета биомы, чтобы сделать функцию конструктора доступной.

import bioma.*

Создайте объект ExpressionSet.

ESObj = ExpressionSet(EDObj, 'SData', MDObj2, 'EInfo', MIAMEObj)
ESObj = 

ExpressionSet
Experiment Data: 500 features, 26 samples
  Element names: Expressions
Sample Data:
    Sample names:     A, B, ...,Z (26 total)
    Sample variable names and meta information: 
        Gender:  Gender of the mouse in study
        Age:  The number of weeks since mouse birth
        Type:  Genetic characters
        Strain:  The mouse strain
        Source:  The tissue source for RNA collection
Feature Data: none
Experiment Information: use 'exptInfo(obj)'

Ссылки

[1] Hovatta, I., Tennant, R.S., Helton, R., et al. (2005). Глиоксалаза 1 и глутатионредуктаза 1 регулируют беспокойство у мышей. 438, 662-666 природы.

См. также

| | | |

Темы

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка