Класс: BioMap
Возвращаемые индексы последовательностей считывания, выровненных по ссылочной последовательности в BioMap объект
Indices = getIndex(BioObj, StartPos, EndPos)
Indices = getIndex(BioObj, StartPos, EndPos, R)
Indices = getIndex(..., Name,Value)
Indices = getIndex(BioObj, StartPos, EndPos)Indices, вектор столбца индексов, задающих последовательности считывания, которые выравниваются по диапазону или набору диапазонов в ссылочной последовательности в BioObj, a BioMap объект. Диапазон или набор диапазонов определяются StartPos и EndPos. StartPos и EndPos могут быть двумя неотрицательными целыми числами, такими, что StartPos меньше, чем EndPosи оба целых числа меньше длины опорной последовательности. StartPos и EndPos также могут быть двумя векторами столбцов, представляющими набор диапазонов (перекрывающихся или сегментированных).
getIndex включает каждое чтение только один раз. Поэтому, если чтение охватывает несколько диапазонов, индекс для этого чтения появляется только один раз.
Indices = getIndex(BioObj, StartPos, EndPos, R)StartPos и EndPos.
Indices = getIndex(..., Name,Value)Name,Value аргументы пары.
|
Объект |
|
Одно из следующих действий:
|
|
Одно из следующих действий:
|
|
Положительное целочисленное индексирование |
Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.
|
Указывает минимальное количество базовых позиций, которые должны перекрываться при чтении в диапазоне или наборе диапазонов для включения. Это значение может быть любым из следующих:
По умолчанию: |
|
Определяет прореживание выходных индексов. Глубина покрытия в любой базовой позиции меньше или равна По умолчанию: |
|
Логическое указание того, сплайсируются ли короткие чтения во время картирования (как при картировании мРНК в геном). N символов в По умолчанию: |
|
Вектор столбца индексов, задающих чтения, которые выравниваются по диапазону или набору диапазонов в указанной ссылочной последовательности в |
Построить BioMap объект, а затем используйте индексы считываний, чтобы извлечь начальные и конечные позиции для считываний, которые полностью содержатся в первых 50 позициях ссылочной последовательности:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Return the indices of reads that are fully contained in the
% first 50 positions of the reference sequence
indices = getIndex(BMObj1, 1, 50, 'overlap', 'full');
% Use these indices to return the start and stop positions of
% the reads
starts = getStart(BMObj1, indices)
stops = getStop(BMObj1, indices)starts =
1
3
5
6
9
13
13
15
stops =
36
37
39
41
43
47
48
49Построить BioMap объект, а затем используйте индексы считываний, чтобы извлечь последовательности для считываний, трассы которых перекрывают сегментированный диапазон по меньшей мере на одну базовую пару:
% Construct a BioMap object from a SAM file
BMObj1 = BioMap('ex1.sam');
% Return the indices of the reads that overlap the
% segmented range 98:100 and 198:200, by at least 1 base pair
indices = getIndex(BMObj1, [98;198], [100;200], 'overlap', 1);
% Use these indices to return the sequences of the reads
sequences = getSequence(BMObj1, indices);Используйте Indices выходные данные из getIndex метод в качестве входных данных для других BioMap методы. Это позволяет получить другую информацию о считывании в диапазоне, такую как заголовок, начальная позиция, качество отображения, последовательности и т.д.
align2cigar | BioMap | cigar2align | getAlignment | getBaseCoverage | getCompactAlignment | getCounts | getSequence | getStart | getStop