codonbias

Вычислить частоту кодонов для каждой аминокислоты, кодированной в нуклеотидной последовательности

Синтаксис

CodonFreq = codonbias(SeqNT) CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Frame', FrameValue, ...) CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Reverse', ReverseValue, ...) CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...) CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Pie', PieValue, ...)

Входные аргументы

`SeqNT`	Одно из следующих: Символьный вектор или строка, задающая нуклеотидную последовательность Вектор ряда целых чисел, указывающий нуклеотидную последовательность Структура MATLAB ®, содержащая `Sequence` поле, которое содержит нуклеотидную последовательность, такую как возвращенная `fastaread`, `fastqread`, `emblread`, `getembl`, `genbankread`, или `getgenbank` Допустимые символы: `A`, `C`, `G`, `T`, и `U`. `codonbias` не считает неоднозначные нуклеотиды или промежутки.
`GeneticCodeValue`	Целое число, символьный вектор или строка, указывающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию: `1` или `'Standard'`. Совет При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени.
`FrameValue`	Целое число, определяющее рамку считывания в нуклеотидной последовательности. Варианты: `1` (по умолчанию), `2`, или `3`.
`ReverseValue`	Контролирует возврат частоты кодона для обратной последовательности комплемента нуклеотидной последовательности, указанной `SeqNT`. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).
`AmbiguousValue`	Символьный вектор или строка, указывающая, как обрабатывать кодоны, содержащие неоднозначные нуклеотидные символы (`R`, `Y`, `K`, `M`, `S`, `W`, `B`, `D`, `H`, `V`, или `N`). Возможны следующие варианты: `'ignore'` (по умолчанию) - пропускает кодоны, содержащие неоднозначные символы `'prorate'` - подсчитывает кодоны, содержащие неоднозначные символы, и пропорционально распределяет их в соответствующих полях кодонов. Например, счетчики для кодона `ART` распределены равномерно между `AAT` и `AGT` поля. `'warn'` - пропускает кодоны, содержащие неоднозначные символы, и отображает предупреждение.
`PieValue`	Контролирует создание фигуры в 20 круговых диаграмм, по одной на каждую аминокислоту. Варианты: `true` или `false` (по умолчанию).

Выходные аргументы

CodonFreq Структура MATLAB, содержащая поле для каждой аминокислоты, каждая из которых содержит связанные частоты кодонов в процентах.

Описание

Многие аминокислоты кодируются двумя или более кодонами нуклеиновых кислот. Однако вероятность того, что специфический кодон (из всех возможных кодонов для аминокислоты) используется для кодирования аминокислоты, варьируется между последовательностями. Знание частоты каждого кодона в белковой кодирующей последовательности для каждой аминокислоты является полезной статистикой.

CodonFreq = codonbias(SeqNT) вычисляет частоту кодона в процентах для каждой аминокислоты, кодированной для SeqNTнуклеотидная последовательность и возвращает результаты в CodonFreqструктура MATLAB, содержащая поле для каждой аминокислоты.

CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'PropertyName', PropertyValue, ...) требования codonbias с необязательными свойствами, использующими пары имя/значение свойства. Можно указать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и не учитывать регистр. Эти пары имя/значение свойства следующие:

CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...) указывает генетический код. Варианты для GenetidCodeValue - целое число, символьный вектор или строка, указывающая кодовый номер или кодовое имя из таблицы Генетический код. При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух символов имени. По умолчанию: 1 или 'Standard'.

Совет

При использовании кодового имени можно усечь имя до первых двух букв имени.

CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Frame', FrameValue, ...) вычисляет частоту кодона в кадре считывания, указанном FrameValue, который может быть 1 (по умолчанию), 2, или 3.

CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Reverse', ReverseValue, ...) контролирует возврат частоты кодона для обратного комплемента нуклеотидной последовательности, указанной SeqNT. Варианты: true или false (по умолчанию).

CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...) определяет способ обработки кодонов, содержащих неоднозначные нуклеотидные символы. Варианты: 'ignore' (по умолчанию), 'prorate', и 'warn'.

CodonFreq = codonbias(SeqNT, ...'Pie', PieValue, ...) контролирует создание фигуры в 20 круговых диаграмм, по одной на каждую аминокислоту. Варианты: true или false (по умолчанию).

Генетический код

Кодовый номер	Кодовое имя
`1`	`Standard`
`2`	`Vertebrate Mitochondrial`
`3`	`Yeast Mitochondrial`
`4`	`Mold`, `Protozoan`, `Coelenterate Mitochondrial`, и `Mycoplasma/Spiroplasma`
`5`	`Invertebrate Mitochondrial`
`6`	`Ciliate`, `Dasycladacean`, и `Hexamita Nuclear`
`9`	`Echinoderm Mitochondrial`
`10`	`Euplotid Nuclear`
`11`	`Bacterial` и `Plant Plastid`
`12`	`Alternative Yeast Nuclear`
`13`	`Ascidian Mitochondrial`
`14`	`Flatworm Mitochondrial`
`15`	`Blepharisma Nuclear`
`16`	`Chlorophycean Mitochondrial`
`21`	`Trematode Mitochondrial`
`22`	`Scenedesmus Obliquus Mitochondrial`
`23`	`Thraustochytrium Mitochondrial`

Примеры

свернуть все

Вычислить частоту кодонов для каждой аминокислоты

Импорт нуклеотидной последовательности из базы данных GenBank ® в программное обеспечение MATLAB. Например, извлекают последовательность ДНК, которая кодирует инсулиновый рецептор человека.

S = getgenbank('M10051');

Вычислите частоту кодонов для каждой аминокислоты, кодированной последовательностью ДНК, и затем постройте график результатов.

cb = codonbias(S.Sequence,'PIE',true)

Получить частоту кодонов для аминокислоты аланина (А).

cb.Ala

ans = 

    Codon: {'GCA' "GCC' "GCG' 'GCT'}
     Freq: [0.1600 0.3867 0.2533 02000]

См. также

aminolookup | codoncount | geneticcode | nt2aa

Представлен до R2006a

Документация