getData

Создание структуры, содержащей подмножество данных из GFFAnnotation

Синтаксис

AnnotStruct = getData(AnnotObj) AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos) AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset) AnnotStruct = getData(___,Name,Value)

Описание

AnnotStruct = getData(AnnotObj) прибыль AnnotStruct, массив структур, содержащий данные из всех элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames имущество AnnotObj.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos) прибыль AnnotStructмассив структур, содержащих данные из подмножества элементов в AnnotObj который попадает в каждый диапазон ссылочной последовательности, указанный StartPos и EndPos.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset) прибыль AnnotStructмассив структур, содержащий подмножество данных из AnnotObj указано Subset, вектор целых чисел.

AnnotStruct = getData(___,Name,Value) прибыль AnnotStruct, массив структур, использующий любой из входных аргументов в предыдущих синтаксисах и дополнительных опциях, заданных одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

Входные аргументы

`AnnotObj`	Объект `GFFAnnotation` класс.
`StartPos`	Неотрицательное целое число, указывающее начало диапазона в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целое число `StartPos` должно быть меньше или равно `EndPos`.
`EndPos`	Неотрицательное целое число, указывающее конец диапазона в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целое число `EndPos` должно быть больше или равно `StartPos`.
`Subset`	Вектор положительных целых чисел, меньших или равных количеству записей в объекте. Использовать вектор `Subset` для извлечения любого элемента или подмножества данных из объекта.

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

'Reference'

Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одну или несколько опорных последовательностей в AnnotObj. Только аннотации, ссылочное поле которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включаются в AnnotStruct.

'Feature'

Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько элементов в AnnotObj. Только аннотации, поле элемента которых соответствует одному из векторов символов или строк, включаются в AnnotStruct.

'Overlap'

Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в диапазоне для включения в AnnotStruct. Это значение может быть любым из следующих:

Положительное целое число
'full' - Аннотация должна полностью содержаться в диапазоне, который будет включен.
'start' - Начальное положение аннотации должно находиться в пределах диапазона, который необходимо включить.

По умолчанию: 1

Выходные аргументы

AnnotStruct

Массив структур, содержащих данные из элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames имущество AnnotObj. В частности, эти поля:

Reference
Start
Stop
Feature
Source
Score
Strand
Frame
Attributes

Примеры

Пример 19. Извлечение подмножеств данных из объекта GFFAnnotation

Построить GFFAnnotation с использованием файла в формате GFF, поставляемого с Toolbox™ биоинформатики.

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');

Извлеките аннотации для позиций от 10 000 до 20 000 из ссылочной последовательности.

AnnotStruct1 = getData(GFFAnnotObj,10000,20000)

AnnotStruct1 = 

9x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Извлеките первые пять аннотаций из объекта.

AnnotStruct2 = getData(GFFAnnotObj,[1:5])

AnnotStruct2 = 

5x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Совет

Используя getData создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным аннотации, чем объект.

Можно получить доступ ко всем значениям полей в структуре.
Можно извлекать, присваивать и удалять значения полей.
Линейное индексирование можно использовать для доступа к значениям полей определенных аннотаций. Например, можно получить доступ к начальному значению только пятой аннотации.

См. также

Темы

Хранение аннотаций элементов и управление ими в объектах

Внешние веб-сайты

Спецификации GFF (общий формат функций)

Документация