Класс: GFFAnnotation
Возврат массива индексов аннотаций из GFFAnnotation объект
Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)
Idx = getIndex(AnnotObj)Idxмассив целых чисел, содержащий индекс каждой аннотации в AnnotObj.
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)Idx для подмножества элементов, которое попадает в каждый диапазон ссылочной последовательности, указанный StartPos и EndPos.
Idx = getIndex(___,Name,Value)Idx, используя любой из входных аргументов из предыдущих синтаксисов и дополнительных параметров, заданных одним или несколькими Name,Value аргументы пары.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, указывающее начало диапазона в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, указывающее конец диапазона в каждой ссылочной последовательности в |
Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.
|
Символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одну или несколько опорных последовательностей в |
|
Символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько элементов в |
|
Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в диапазоне для включения ее индекса в
По умолчанию: |
|
Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в |
Построить GFFAnnotation с использованием файла в формате GFF, поставляемого с Toolbox™ биоинформатики.
GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');
Извлеките индексы аннотаций или элементов для позиций от 10 000 до 20 000 из ссылочной последовательности.
Idx = getIndex(GFFAnnotObj,10000,20000)
Idx =
61
62
63
64
65
66
67
68
69getData (GFFAnnotation) | getFeatureNames (GFFAnnotation) | getIndex (GFFAnnotation) | getRange (GFFAnnotation) | getReferenceNames (GFFAnnotation) | getSubset (GFFAnnotation) | GFFAnnotation | GTFAnnotation