getSubset

Получение подмножества элементов из GFFAnnotation объект

Синтаксис

NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos) NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset) NewObj = getSubset(___,Name,Value)

Описание

NewObj = getSubset(AnnotObj,StartPos,EndPos) прибыль NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов из AnnotObj который попадает в каждый диапазон ссылочной последовательности, указанный StartPos и EndPos.

NewObj = getSubset(AnnotObj,Subset) прибыль NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов, указанных Subset, вектор целых чисел.

NewObj = getSubset(___,Name,Value) прибыль NewObj, новый объект, содержащий подмножество элементов из AnnotObj, используя любой из входных аргументов из предыдущих синтаксисов и дополнительных параметров, заданных одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

Входные аргументы

`AnnotObj`	Объект `GFFAnnotation` класс.
`StartPos`	Неотрицательное целое число, указывающее начало диапазона в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целое число `StartPos` должно быть меньше или равно `EndPos`.
`EndPos`	Неотрицательное целое число, указывающее конец диапазона в каждой ссылочной последовательности в `AnnotObj`. Целое число `EndPos` должно быть больше или равно `StartPos`.
`Subset`	Вектор положительных целых чисел, равный или меньший числа записей в объекте. Использовать вектор `Subset` для извлечения любого элемента или подмножества объекта.

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

'Reference'

Символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одну или несколько опорных последовательностей в AnnotObj. Только аннотации, ссылочное поле которых совпадает с одним из векторов символов, включаются в NewObj.

'Feature'

Символьный вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько элементов в AnnotObj. Только аннотации, поле элемента которых соответствует одному из векторов символов, включаются в NewObj.

'Overlap'

Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в диапазоне для включения в NewObj. Это значение может быть любым из следующих:

Положительное целое число
'full' - Аннотация должна полностью содержаться в диапазоне, который будет включен.
'start' - Начальное положение аннотации должно находиться в пределах диапазона, который необходимо включить.

По умолчанию: 1

Выходные аргументы

NewObj

Объект GFFAnnotation класс.

Примеры

Пример 27. Создание подмножества данных, содержащих только белковые элементы, из файла в формате GFF

Построить GFFAnnotation с использованием файла в формате GFF, поставляемого с Toolbox™ биоинформатики.

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');

Создайте подмножество данных, содержащих только белковые элементы.

subsetGFF1 = getSubset(GFFAnnotObj,'Feature','protein')

subsetGFF1 = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {1x9 cell}
    NumEntries: 200

Пример 28. Извлечение подмножеств данных из объекта GFFAnnotation

Построить GFFAnnotation с использованием файла в формате GFF, поставляемого с панелью инструментов биоинформатики.

GFFAnnotObj = GFFAnnotation('tair8_1.gff');

Извлечение подмножества данных из первого-пятого элементов GFFAnnotObj.

subsetGFF2 = getSubset(GFFAnnotObj,[1:5])

subsetGFF2 = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {1x9 cell}
    NumEntries: 5

Извлекать только первый, пятый и восьмой элементы GFFAnnotObj.

subsetGFF3 = getSubset(GFFAnnotObj,[1 5 8])

subsetGFF3 = 

  GFFAnnotation with properties:

    FieldNames: {1x9 cell}
    NumEntries: 3

Совет

getSubset метод выбирает аннотации из диапазона, заданного StartPos и EndPos для всех эталонных последовательностей в AnnotObj если вы не используете Reference аргумент пары имя-значение для ограничения ссылочных последовательностей.
После создания поднабора объектов можно получить доступ к количеству записей, диапазону последовательности ссылок, охватываемому аннотациями, именами полей и именами ссылок. Для доступа ко значениям всех полей создайте структуру данных с помощью getData способ.

См. также

Темы

Хранение аннотаций элементов и управление ими в объектах

Внешние веб-сайты

Спецификации GFF (общий формат функций)

Документация