Exponenta Banner
exponenta event banner

nmercount

Подсчет n-меров в нуклеотидной или аминокислотной последовательности

Синтаксис

Nmer = nmercount(Seq, Length)
Nmer = nmercount(Seq, Length, C)

Входные аргументы

Seq

Одно из следующих:

Length

Целое число, указывающее длину n-mer для подсчета.

Выходные аргументы

NmerМассив ячеек, содержащий число n-mer в Seq.

Описание

Nmer = nmercount(Seq, Length) подсчитывает n-числа или узоры определенной длины в Seqнуклеотидную последовательность или аминокислотную последовательность и возвращает n-мер в клеточном массиве.

Nmer = nmercount(Seq, Length, C) возвращает только n-мер с кардинальностью не менее C.

Примеры

  1. Используйте getgenpept функция извлечения аминокислотной последовательности для инсулинового рецептора человека.

    S = getgenpept('AAA59174','SequenceOnly',true);

  2. Подсчитайте количество четырех метров в аминокислотной последовательности и отобразите первые 20 строк в клеточном массиве.

    nmers = nmercount(S,4);
nmers(1:20,:)

ans = 
    'APES'    [2]
    'DFRD'    [2]
    'ESLK'    [2]
    'FRDL'    [2]
    'GNYS'    [2]
    'LKEL'    [2]
    'SHCQ'    [2]
    'SLKD'    [2]
    'SVRI'    [2]
    'TDYL'    [2]
    'TSLA'    [2]
    'TVIN'    [2]
    'VING'    [2]
    'VPLD'    [2]
    'YALV'    [2]
    'AAAA'    [1]
    'AAAP'    [1]
    'AAEI'    [1]
    'AAEL'    [1]
    'AAFP'    [1]

См. также

| | |

Представлен до R2006a

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка