baselookup

Найдите нуклеотидные коды, целые числа, имена и дополнения

Синтаксис

baselookup baselookup('Complement', SeqNT) baselookup('Code', CodeValue) baselookup('Integer', IntegerValue) baselookup('Name', NameValue)

Аргументы

`SeqNT`	Нуклеотидная последовательность (ы), представленная одним из следующих: Вектор символов или строка, содержащая однобуквенные коды из таблицы Nucleotide Lookup Массив ячеек из последовательностей Двумерный символьный массив из последовательностей Примечание Если вход является несколькими последовательностями, дополнение для каждой последовательности определяется независимо.
`CodeValue`	Код нуклеотидной буквы, представленный одним из следующих: Вектор символов или строка, задающая однобуквенный код, представляющий нуклеотид. Действительные однобуквенные коды см. в таблице Nucleotide Lookup. Массив ячеек из буквенных кодов. Двумерный символьный массив из буквенных кодов.
`IntegerValue`	Одно целое число, представляющее нуклеотид. Для допустимых целых чисел смотрите таблицу Nucleotide Lookup.
`NameValue`	Имя нуклеотида представлено одним из следующих: Вектор символов или строка, задающая имя нуклеотида. Для действительных имен нуклеотидов смотрите таблицу Nucleotide Lookup. Массив ячеек с именами. Двумерный символьный массив символов.

Описание

baselookup отображает таблицу нуклеотидных кодов, целых чисел, имен и дополнений.

Поиск нуклеотидов

Код	Целое число	Имя нуклеотида	Значение	Дополнение
`A`	`1`	Аденин	`A`	`T`
`C`	`2`	Цитозин	`C`	`G`
`G`	`3`	Гуанин	`G`	`C`
`T`	`4`	Тимин	`T`	`A`
`U`	`4`	Урацил	`U`	`A`
`R`	`5`	Пурин	`A` или `G`	`Y`
`Y`	`6`	Пиримидин	`C` или `T`	`R`
`K`	`7`	Keto	`G` или `T`	`M`
`M`	`8`	Аминопласт	`A` или `C`	`K`
`S`	`9`	Сильное взаимодействие (связи 3 H)	`C` или `G`	`S`
`W`	`10`	Слабое взаимодействие (связи 2 H)	`A` или `T`	`W`
`B`	`11`	Не `A`	`C` или `G` или `T`	`V`
`D`	`12`	Не `C`	`A` или `G` или `T`	`H`
`H`	`13`	Не `G`	`A` или `C` или `T`	`D`
`V`	`14`	Не `T` или `U`	`A` или `C` или `G`	`B`
`N`, `X`	`15`	Любой нуклеотид	`A` или `C` или `G` или `T` или `U`	`N`
`-`	`16`	Зазор неопределенной длины	Промежуток	`-`

baselookup('Complement', SeqNT) отображает комплементарную нуклеотидную последовательность.

baselookup('Code', CodeValue) отображает соответствующее значение и имя нуклеотида. Для неоднозначных нуклеотидных кодов (R, Y, K, M, S, W, B, D, H, V, N, и X), имя нуклеотида является описательным именем.

baselookup('Integer', IntegerValue) отображает соответствующий код буквы, значение и имя нуклеотида.

baselookup('Name', NameValue) отображает соответствующий код буквы, значение и имя нуклеотида или описательное имя.

Примеры

свернуть все

Преобразуйте нуклеотидную последовательность в комплементарную

Открыть Live Script

baselookup('Complement', 'TAGCTGRCCAAGGCCAAGCGAGCTTN')

ans = 
    'ATCGACYGGTTCCGGTTCGCTCGAAN
     '

Отобразите значение и имя нуклеотида или описательное имя для нуклеотидных кодов G и Y.

baselookup('Code', 'G')

ans = 
    'G	Guanine
     '

baselookup('Code', 'Y')

ans = 
    'T|C	pYrimidine
     '

Отобразите код нуклеотидной буквы, значение и имя нуклеотида или описательное имя для целых чисел 1 и 7.

baselookup('Integer', 1)

ans = 
    'A	A - Adenine
     '

baselookup('Integer', 7)

ans = 
    'K	G|T - Keto
     '

Отобразите соответствующий код нуклеотидной буквы, значение и имя цитозина и пурина.

baselookup('Name','cytosine')

ans = 
    'C	C - Cytosine
     '

baselookup('Name','purine')

ans = 
    'R	G|A - puRine
     '

См. также

Представлено до R2006a

Документация