Преобразуйте аминокислотную последовательность в нуклеотидную
SeqNT = aa2nt(SeqAA)
SeqNT =
aa2nt(SeqAA, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue,
...)
SeqNT = aa2nt(SeqAA,
...'Alphabet' AlphabetValue, ...)
SeqAA | Одно из следующих:
Примеры: |
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию это Совет Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух букв имени. |
AlphabetValue | Вектор символов или строка, задающая нуклеотидный алфавит. Варианты:
|
SeqNT | Нуклеотидная последовательность, заданная вектором символов буквы кодов. |
SeqNT = aa2nt(SeqAA)SeqAASeqNT, с использованием стандартного генетического кода.
В целом, отображение от аминокислоты к нуклеотидному кодону не является взаимно-однозначным отображением. Для аминокислот с несколькими возможными нуклеотидными кодонами эта функция случайным образом выбирает кодон, соответствующий этой конкретной аминокислоте. Для неоднозначных символов B и Zодну из аминокислот, соответствующих букве, выбирают случайным образом, а затем случайным образом выбирают кодоновую последовательность. Для неоднозначного символа Xпоследовательность кодона выбирают случайным образом из всех возможностей.
SeqNT = aa2nt (SeqAA... 'PropertyName', PropertyValue, ...)aa2nt с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает генетический код, используемый при преобразовании аминокислотной последовательности в нуклеотидную последовательность. SeqNT =
aa2nt(SeqAA, ...'GeneticCode', GeneticCodeValue,
...)GeneticCodeValue может быть целым числом, вектором символов или строкой, задающей номер кода или имя кода из таблицы Генетический код. По умолчанию это 1 или 'Standard'. Аминокислота к нуклеотидному кодону, отображению для Стандартного генетического кода, показана в таблице Стандартного генетического кода.
Совет
Если вы используете имя кода, можно обрезать имя до первых двух букв имени.
SeqNT = aa2nt(SeqAA,
...'Alphabet' AlphabetValue, ...)AlphabetValue можно 'DNA', который использует символы A, C, G, и T, или 'RNA', который использует символы A, C, G, и U. По умолчанию это 'DNA'.
Генетический код
| Кодовый номер | Кодовое имя |
|---|---|
1 | Standard |
2 | Vertebrate Mitochondrial |
3 | Yeast Mitochondrial |
4 | Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial, и Mycoplasma/Spiroplasma |
5 | Invertebrate Mitochondrial |
6 | Ciliate, Dasycladacean, и Hexamita Nuclear |
9 | Echinoderm Mitochondrial |
10 | Euplotid Nuclear |
11 | Bacterial и Plant Plastid |
12 | Alternative Yeast Nuclear |
13 | Ascidian Mitochondrial |
14 | Flatworm Mitochondrial |
15 | Blepharisma Nuclear |
16 | Chlorophycean Mitochondrial |
21 | Trematode Mitochondrial |
22 | Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
23 | Thraustochytrium Mitochondrial |
Стандартный генетический код
| Имя аминокислоты | Аминокислотный код | Нуклеотидный кодон |
|---|---|---|
| Аланин | A | GCT GCC GCA GCG |
| Аргинин | R | CGT CGC CGA CGG AGA AGG |
| Аспарагин | N | AAT AAC |
| Аспарагиновая кислота (аспартат) | D | GAT GAC |
| Цистеин | C | TGT TGC |
| Глютамин | Q | CAA CAG |
| Глутаминовая кислота (глутамат) | E | GAA GAG |
| Глицин | G | GGT GGC GGA GGG |
| Гистидин | H | CAT CAC |
| Изолейцин | I | ATT ATC ATA |
| Лейцин | L | TTA TTG CTT CTC CTA CTG |
| Лизин | K | AAA AAG |
| Метионин | M | ATG |
| Фенилаланин | F | TTT TTC |
| Пролин | P | CCT CCC CCA CCG |
| Серин | S | TCT TCC TCA TCG AGT AGC |
| Треонин | T | ACT ACC ACA ACG |
| Триптофан | W | TGG |
| Тирозин | Y | TAT, TAC |
| Валин | V | GTT GTC GTA GTG |
| Аспарагин или аспарагиновая кислота (аспартат) | B | Случайный кодон из D и N |
| Глутамин или глутаминовая кислота (глутамат) | Z | Случайный кодон из E и Q |
| Неизвестная аминокислота (любая аминокислота) | X | Случайный кодон |
| Остановка перевода | * | TAA TAG TGA |
| Зазор неопределенной длины | - | --- |
| Неизвестный символ (любой символ или символ, не указанный в таблице) | ? | ??? |
aminolookup | baselookup | geneticcode | nt2aa | rand | revgeneticcode | seqviewer