getBowtie2Command

Переведите свойства объекта в опции Bowtie 2

Свернуть все на странице

Синтаксис

S = getBowtie2Command(object)
S = getBowtie2Command(object,'IncludeAll',TF)

Описание

пример

S = getBowtie2Command(object) возвращает вектор символов S, представляющий синтаксис опции Bowtie 2, который соответствует измененным свойствам объекта. По умолчанию функция преобразует только измененные свойства.

getBowtie2Command требуется интерфейс Bioinformatics Toolbox™ для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

getBowtie2Command поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

пример

S = getBowtie2Command(object,'IncludeAll',TF) определяет, следует ли переводить все свойства объекта (true) или только измененные свойства (false).

Примеры

свернуть все

Создайте Bowtie2AlignOptions объект.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Измените свойства объекта. Например, задайте, чтобы отсечь четыре остатка от 3' и 5' заканчивается перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;
 alignOpt.Trim5 = 4;

Найдите эквивалентный синтаксис опции Bowtie 2 для измененных свойств.

 getbowtie2command(alignOpt)
ans =

    '-3 4 -5 4'

Входные параметры

свернуть все

Объект опций Bowtie 2, заданный как Bowtie2AlignOptions, Bowtie2InspectOptions, или Bowtie2BuildOptions объект.

Пример: alignOpt

Флаг для преобразования всех свойств объекта, заданный как true или false. Если trueфункция преобразует все свойства объекта. Если falseфункция преобразует только измененные свойства.

Пример: true

Типы данных: logical

Выходные аргументы

свернуть все

Синтаксис опции Bowtie 2 [1], возвращенный как вектор символов. Синтаксис префиксируется одним или двумя штрихами.

Ссылки

[1] Langmead, B., and S. Salzberg. «Быстрое выравнивание чтения с перерывами с Bowtie 2». Природные методы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте