preset

Установите комбинацию опций выравнивания

Свернуть все на странице

Синтаксис

preset(object,P)

Описание

пример

preset(object,P) устанавливает комбинацию опций выравнивания (свойства объекта) в предопределенные значения для типичных компромиссов между временем выполнения и чувствительностью. Функция устанавливает следующие свойства объекта: NumReseedings, NumSeedExtensions, NumSeedMismatches, SeedIntervalFunction, SeedLength, и Mode.

preset требуется интерфейс Bioinformatics Toolbox™ для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

preset поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

Примеры

свернуть все

Создайте набор файлов индекса для генома дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с тулбоксом.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса успешно, функция возвращается 0 и создает файлы индексов (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Когда индекс будет готов, сопоставьте считанные последовательности со ссылкой. Файлы чтения парного конца (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже поставляются с тулбоксом.

Создайте объект опции.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Некоторые предустановленные опции определяют комбинацию значений для нескольких параметров выравнивания одновременно. Используйте пустую строку, чтобы просмотреть список всех предустановленных опций.

preset(alignOpt,'')
ans =

  8×6 table

                          NumSeedExtensions    NumReseedings    NumSeedMismatches    SeedLength    SeedIntervalFunction       Mode   
                          _________________    _____________    _________________    __________    ____________________    __________

    Fast                         10                  2                  0                22             'S,0,2.50'         'EndToEnd'
    LocalFast                    10                  2                  0                22             'S,1,1.75'         'Local'   
    LocalSensitive               15                  2                  0                20             'S,1,0.75'         'Local'   
    LocalVeryFast                 5                  1                  0                25             'S,1,2.00'         'Local'   
    LocalVerySensitive           20                  3                  0                20             'S,1,0.50'         'Local'   
    Sensitive                    15                  2                  0                22             'S,1,1.15'         'EndToEnd'
    VeryFast                      5                  1                  0                22             'S,0,2.50'         'EndToEnd'
    VerySensitive                20                  3                  0                20             'S,1,0.50'         'EndToEnd'

Выровняйте с помощью 'Fast' опция, которая делает процесс выравнивания быстрее, но менее чувствительным и менее точным.

preset(alignOpt,'Fast');

Чтение карты на ссылку с помощью заданного выравнивания опций.

flag = run(alignOpt,'Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_fast.sam');

Выходы являются файлом в формате SAM, который содержит результаты отображения.

Входные параметры

свернуть все

Опции выравнивания, заданные как Bowtie2AlignOptions объект.

Пример: alignOpt

Предустановленная опция, заданная как вектор символов. Допустимые опции 'Sensitive', 'VerySensitive', 'Fast', 'VeryFast', 'LocalFast', 'LocalVeryFast', 'LocalSensitive', 'LocalVerySensitive', и ''. Используйте пустой символьный вектор '' отображение предопределенных значений для каждой предустановленной опции.

Пример: 'LocalFast'

Ссылки

[1] Langmead, B., and S. Salzberg. «Быстрое выравнивание чтения с перерывами с Bowtie 2». Природные методы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте