run

Сопоставить последовательность чтения в ссылочную последовательность используя Bowtie 2

Свернуть все на странице

Синтаксис

run(object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName)
run(___,'IncludeAll',TF)
flag = run(___)

Описание

пример

run(object,indexBaseName,reads1,reads2,outputFileName) отображает показания секвенирования из reads1 и reads2 относительно ссылочной последовательности и записывает результаты в выходной файл outputFileName. Область входа indexBaseName представляет базовое имя (префикс) файлов индекса ссылки. object является Bowtie2AlignOptions объект.

run требуется интерфейс Bioinformatics Toolbox™ для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

run поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) задает, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения при запуске bowtie2. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию для выполнения используются только измененные свойства bowtie2.

пример

flag = run(___) возвращает выходной flag функции, использующей любой из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Сначала создайте набор файлов индекса для генома дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с тулбоксом.

status = bowtie2build('Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса успешно, функция возвращается 0 и создает файлы индексов (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Когда индекс будет готов, сопоставьте считанные последовательности со ссылкой. Парные файлы чтения (SRR6008575_10k_1.fq и SRR6008575_10k_2.fq) уже поставляются с тулбоксом.

Создайте объект опции.

 alignOpt = Bowtie2AlignOptions;

Обрезка четырех остатков из 3' заканчивается перед выравниванием.

 alignOpt.Trim3 = 4;

Чтение карты на ссылку с помощью заданной опции выравнивания.

flag = run(alignOpt,'Dmel_chr4','SRR6008575_10k_1.fq','SRR6008575_10k_2.fq','SRR6008575_10k_chr4_trimmed.sam');

Выходы являются файлом в формате SAM, который содержит результаты отображения.

Входные параметры

свернуть все

Опции выравнивания, заданные как Bowtie2AlignOptions объект.

Пример: 'alignOpt'

Базовое имя (префикс) файлов индекса ссылки, заданное как вектор символов или строка. Файлы индекса находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имена файлов с первым совмещением считываются или считываются с одним концом, заданные как вектор символов или строка.

Для данных парного конца, последовательности в reads1 должен соответствовать последовательностям file-for-file и read-for-read в reads2.

Пример: 'SRR6008575_10k_1.fq'

Типы данных: char | string

Имена файлов со вторым совмещением считываются, заданные как вектор символов или строка.

Задайте reads2 как пустой символьный вектор или строка ('' или "") если данные состоят только из однокомпонентных чтений.

Пример: 'SRR6008575_10k_2.fq'

Типы данных: char | string

Выход файла, заданное как вектор символов или строка. Этот файл содержит результаты отображения.

Пример: 'SRR6008575_10k_chr4.sam'

Типы данных: char | string

Флаг, чтобы использовать все свойства объекта и их соответствующие значения при запуске функции, заданный как true или false. По умолчанию используются только измененные свойства.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Выходной статус функции, возвращенный как целое число. flag является 0 если функция запускается без ошибок или предупреждений. В противном случае это ненулевое значение.

Ссылки

[1] Langmead, B., and S. Salzberg. «Быстрое выравнивание чтения с перерывами с Bowtie 2». Природные методы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте