run

Создайте файлы индекса Bowtie 2

Свернуть все на странице

Синтаксис

run(object,referenceFileNames,indexBaseName)
run(___,'IncludeAll',TF)
flag = run(___)

Описание

пример

run(object,referenceFileNames,indexBaseName) создает файлы индекса Bowtie 2 из информации ссылочной последовательности, сохраненной в файлах FASTA, заданных referenceFileNames.

run требуется интерфейс Bioinformatics Toolbox™ для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

run поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) задает, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения при запуске bowtie2build. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию для запуска функции используются только измененные свойства.

пример

flag = run(___) возвращает выходной flag функции, использующей любой из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Создайте набор файлов индекса для генома дрозофилы. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

Создайте объект опции.

buildOpt = Bowtie2BuildOptions;

Создайте файлы индекса с помощью run функция. В данном примере ссылочная последовательность Dmel_chr4.fa уже поставляется с тулбоксом.

flag = run(buildOpt,'Dmel_chr4.fa', 'Dmel_chr4_index');

Если построение индекса успешно, функция возвращается 0 и создает файлы индексов (*.bt2) в текущей папке. Файлы имеют префикс 'Dmel_chr4_index'.

Входные параметры

свернуть все

Опции для создания файлов индекса, заданные как Bowtie2BuildOptions объект.

Пример: 'buildOpt'

Имена файлов с информацией о ссылке последовательности, заданные как строка, вектор символов, строковые массивы или массив ячеек векторов символов.

Пример: 'Dmel_chr4.fa'

Типы данных: char | string | cell

Базовое имя (префикс) файлов индекса ссылки, заданное как вектор символов или строка. Файлы индекса находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Флаг, чтобы использовать все свойства объекта и их соответствующие значения при запуске функции, заданный как true или false. По умолчанию используются только измененные свойства.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Выходной статус функции, возвращенный как целое число. flag является 0 если функция запускается без ошибок или предупреждений. В противном случае это ненулевое значение.

Ссылки

[1] Langmead, B., and S. Salzberg. «Быстрое выравнивание чтения с перерывами с Bowtie 2». Природные методы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте