Exponenta Banner
exponenta event banner

run

Смотрите файлы индекса Bowtie 2

Свернуть все на странице

Синтаксис

run(object,indexBaseName,outputFileName)
run(___,'IncludeAll',TF)
flag = run(___)

Описание

пример

run(object,indexBaseName,outputFileName) просматривает файлы индекса Bowtie 2 с префиксом indexBaseName, проверяет исходные последовательности ссылки, используемые для построения индекса, и сохраняет последовательности ссылки в файле выхода outputFileName. Аргумент object является Bowtie2InspectOptions объект.

run требуется интерфейс Bioinformatics Toolbox™ для Bowtie Aligner. Если этот пакет поддержки не установлен, то функция предоставляет ссылку на загрузку. Для получения дополнительной информации смотрите Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox.

Примечание

run поддерживается в Mac и UNIX® только платформы.

пример

run(___,'IncludeAll',TF) определяет, использовать ли все свойства объектов и их соответствующие значения при запуске bowtie2inspect. Задайте эту опцию после всех других входных параметров. По умолчанию для выполнения используются только измененные свойства bowtie2inspect.

пример

flag = run(___) возвращает выходной flag функции, использующей любой из входных параметров в предыдущих синтаксисах.

Примеры

свернуть все

Получите информацию о последовательности ссылок, используемой для создания соответствующих файлов индекса. Сообщение об ошибке появляется, если при запуске функции не установлен пакет поддержки Bioinformatics Toolbox для Bowtie Aligner. Щелкните указанную ссылку, чтобы загрузить пакет из меню Add-on.

Создайте объект опции.

inspectOpt = Bowtie2InspectOptions;

Смотрите индекс и получите информацию о последовательности ссылки. По умолчанию файл выхода Dmel_chr4_retrieved.fa содержит фактическую последовательность ссылки, используемой для построения индекса. Если функция запускается без каких-либо предупреждений или ошибок, она возвращается 0.

flag = run(inspectOpt,'Dmel_chr4', 'Dmel_chr4_retrieved.fa');

Входные параметры

свернуть все

Опции для просмотра файлов индекса, заданные как Bowtie2InspectOptions объект.

Пример: 'inspectOpt'

Базовое имя (префикс) файлов индекса ссылки, заданное как вектор символов или строка. Файлы индекса находятся в BT2 или BT21 формат.

Пример: 'Dmel_chr4'

Типы данных: char | string

Имя выходного файла, заданное как строковый или символьный вектор. По умолчанию файл выхода содержит ссылки последовательности, которые используются для создания файлов индекса.

Пример: 'refSeq.fa'

Типы данных: char | string

Флаг, чтобы использовать все свойства объекта и их соответствующие значения при запуске функции, заданный как true или false. По умолчанию используются только измененные свойства.

Пример: true

Выходные аргументы

свернуть все

Выходной статус функции, возвращенный как целое число. flag является 0 если функция запускается без ошибок или предупреждений. В противном случае это ненулевое значение.

Ссылки

[1] Langmead, B., and S. Salzberg. «Быстрое выравнивание чтения с перерывами с Bowtie 2». Природные методы. 9, 2012, 357–359.

См. также

| | | | |

Внешние веб-сайты

Введенный в R2018a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка