cpgisland
Определение местоположения островков CpG в последовательности ДНК
Синтаксис
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Window', WindowValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'MinIsland', MinIslandValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'GCmin', GCminValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'CpGoe', CpGoeValue, ...)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Plot', PlotValue, ...)
Входные параметры
SeqDNA | Одно из следующих:
Допустимые символы включают
|
WindowValue | Целое число, задающее размер окна для вычисления содержимого GC и коэффициентов CpGobserved/CpGexpected. По умолчанию это 100 основы. Меньший размер окна увеличивает шум на графике. |
MinIslandValue | Целое число, указывающее минимальное количество последовательных отмеченных основ для сообщения как острова CpG. По умолчанию это 200 основы. |
GCminValue | Значение, определяющее минимальный процент GC в окне, необходимом для маркировки основы. Варианты являются значением между 0 и 1. По умолчанию это 0.5. |
CpGoeValue | Значение, определяющее минимальное соотношение CpGobserved/CpGexpected в каждом окне, необходимое для маркировки основы. Варианты являются значением между CPGobs/CpGexp = (NumCpGs*Length)/(NumGs*NumCs) |
PlotValue | Управляет графическим изображением содержимого GC, содержимого CpGoe, островов CpG, превышающих минимальный размер острова, и всех потенциальных островов CpG для заданных критериев. Варианты true или false (по умолчанию). |
Выходные аргументы
cpgStruct | Структура MATLAB, содержащая начальные и конечные основы островов CpG, больше минимального размера острова. |
Описание
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA)SeqDNA, нуклеотидная последовательность ДНК для островов CpG с содержимым GC более 50% и отношение CpGobserved/CpGexpected, больше 60%. Он помечает основы, удовлетворяющие этому критерию, в движущемся окне 100 ДНК основ, а затем возвращает результаты в cpgStruct, структуру MATLAB, содержащую начальные и конечные основы островов CpG, больше минимального размера острова 200 основы.
cpgStruct = cpgisland (SeqDNA... 'PropertyName', PropertyValue, ...)cpgisland с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает размер окна для вычисления содержимого GC и коэффициентов CpGobserved/CpGexpected. По умолчанию это cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Window', WindowValue, ...)100 основы. Меньший размер окна увеличивает шум на графике.
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'MinIsland', MinIslandValue, ...)200 основы.
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'GCmin', GCminValue, ...)0 и 1. По умолчанию это 0.5.
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'CpGoe', CpGoeValue, ...)0 и 1. По умолчанию это 0.6. Это отношение определяется как:
CPGobs/CpGexp = (NumCpGs*Length)/(NumGs*NumCs)
cpgStruct = cpgisland(SeqDNA,
...'Plot', PlotValue, ...)true или false (по умолчанию).
Примеры
Импорт нуклеотидной последовательности из GenBank® база данных. Например, извлеките последовательность из хромосомы Homo sapiens 12.
S = getgenbank('AC156455');Вычислите островки CpG в последовательности и постройте график результатов.
cpgisland(S.Sequence,'PLOT',true) ans = Starts: [4510 29359] Stops: [5468 29604]Перечислены острова CpG, длина которых превышает 200 основы, и отображается график.
