Создайте форматированный Ньюиком вектор символов
nwk = getnewickstr(Tree)
getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue)
getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue)
Tree | Объект Phytree, созданный с помощью функции phytree. |
DistancesValue | Свойство для управления, включая или исключая расстояния в выходе. Введите любой из true (включая расстояния) или false (исключая расстояния). По умолчанию это true. |
BranchNamesValue | Свойство для управления включением имен ветвей в выходы или исключения из них. Введите любой из true (включая имена ветвей) или false (исключить имена ветвей). По умолчанию это false. |
nwk = getnewickstr(Tree)Tree).
getnewickstr(..., ' задает необязательные свойства, используя имя свойства/ значение пары.PropertyName', PropertyValue,...)
getnewickstr(..., 'Distances', , когда DistancesValue)DistancesValue является false, исключает расстояния из выхода.
getnewickstr(..., 'BranchNames', , когда BranchNamesValue)BranchNamesValue является true, включает имена ветвей в выход.
Создайте некоторые случайные последовательности.
seqs = int2nt(ceil(rand(10)*4));
Вычислите парные расстояния.
dist = seqpdist(seqs,'alpha','nt');
Создайте филогенетическое дерево.
tree = seqlinkage(dist);
Получите вектор символов в формате Ньюика.
nwk = getnewickstr(tree)
Сведения о формате дерева Ньюика.
get | getbyname | getcanonical | phytree | phytreeread | phytreeviewer | phytreewrite | seqlinkage