Exponenta Banner

getnewickstr (phytree)

Создайте форматированный Ньюиком вектор символов

Синтаксис

nwk = getnewickstr(Tree)
getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...)
getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue)
getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue)

Аргументы

TreeОбъект Phytree, созданный с помощью функции phytree.
DistancesValueСвойство для управления, включая или исключая расстояния в выходе. Введите любой из true (включая расстояния) или false (исключая расстояния). По умолчанию это true.
BranchNamesValueСвойство для управления включением имен ветвей в выходы или исключения из них. Введите любой из true (включая имена ветвей) или false (исключить имена ветвей). По умолчанию это false.

Описание

nwk = getnewickstr(Tree) возвращает форматированный Ньюиком вектор символов объекта филогенетического дерева (Tree).

getnewickstr(..., 'PropertyName', PropertyValue,...) задает необязательные свойства, используя имя свойства/ значение пары.

getnewickstr(..., 'Distances', DistancesValue), когда DistancesValue является false, исключает расстояния из выхода.

getnewickstr(..., 'BranchNames', BranchNamesValue), когда BranchNamesValue является true, включает имена ветвей в выход.

Примеры

  1. Создайте некоторые случайные последовательности.

    seqs = int2nt(ceil(rand(10)*4));

  2. Вычислите парные расстояния.

    dist = seqpdist(seqs,'alpha','nt');

  3. Создайте филогенетическое дерево.

    tree = seqlinkage(dist);

  4. Получите вектор символов в формате Ньюика.

    nwk  = getnewickstr(tree)

Ссылки

Сведения о формате дерева Ньюика. 

https://evolution.genetics.washington.edu/phylip/newicktree.html

См. также

| | | | | | |

Темы

Представлено до R2006a

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка