rmabackadj

Выполните настройку фона на данных уровня зонда микромассивов Affymetrix с помощью процедуры Robust Multi-array Average (RMA)

Синтаксис

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMData) BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Method', MethodValue, ...) BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Truncate', TruncateValue, ...) BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...)

Входные параметры

`PMData`	Матрица значений интенсивности, где каждая строка соответствует зонду совершенного соответствия (PM), и каждый столбец соответствует Affymetrix^® Файл CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельного чипа. Все чипы должны быть одного типа.)
`MethodValue`	Задает метод оценки для параметров модели корректировки фона. Введите любой из `'RMA'` (для использования метода оценки, описанного Болстадом, 2005) или `'MLE'` (для оценки параметров с использованием максимальной вероятности). По умолчанию это `'RMA'`.
`TruncateValue`	Задает модель фонового шума. Введите любой из `true` (используйте усеченное Гауссово распределение) или `false` (используйте неурезанное Гауссово распределение). По умолчанию это `true`.
`ShowplotValue`	Управляет графическим изображением гистограммы, показывающей распределение значений интенсивности зонда PM (синий) и функции свертанного распределения вероятностей (красный) с предполагаемыми параметрами mu, sigma и альфа. Введите любой из `'all'` (постройте гистограмму для каждого столбца или фишки) или укажите подмножество столбцов (фишки) путем ввода номера столбца, списка чисел или области значений чисел.

Выходные аргументы

BackAdjustedMatrix Матрица значений интенсивности зонда, скорректированных по фону.

Описание

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(PMData) возвращает скорректированные по фону значения интенсивности зонда в матрице, PMData. Обратите внимание, что каждая строка в PMData соответствует зонду с идеальным соответствием (PM) и каждому столбцу в PMData соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельного чипа. Все чипы должны быть одного типа.) Подробная информация о фоновой корректировке приводится в документе Bolstad, 2005.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...) вызывает rmabackadj с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Method', MethodValue, ...) задает метод оценки для параметров модели корректировки фона. Когда MethodValue является 'RMA', rmabackadj реализует метод оценки, описанный Болстадом, 2005. Когда MethodValue является 'MLE', rmabackadj оценивает параметры, используя максимальную правдоподобность. По умолчанию это 'RMA'.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Truncate', TruncateValue, ...) задает используемую модель фонового шума. Когда TruncateValue является false, rmabackadj использует неусеченный Гауссов в качестве модели фонового шума. По умолчанию это true.

BackAdjustedMatrix = rmabackadj(..., 'Showplot', ShowplotValue, ...) позволяет вам построить гистограмму, показывающую распределение значений интенсивности зонда PM (синий) и свертанную функцию распределения вероятностей (красный) с предполагаемыми параметрами mu, sigma и альфа. Когда ShowplotValue является 'all', rmabackadj строит гистограмму для каждого столбца или чипа. Когда ShowplotValue - число, список чисел или область значений чисел, rmabackadj строит гистограмму для указанного номера столбца (чипа).

Для примера:

(..., 'Showplot', 3,...) строит графики значений интенсивности в столбце 3 PMData.
(..., 'Showplot', [3,5,7],...) Строит графики значений интенсивности в столбцах 3, 5 и 7 PMData.
(..., 'Showplot', 3:9,...) Строит графики значений интенсивности в столбцах с 3 по 9 PMData.

Примеры

Загрузите MAT-файл, включенный в программное обеспечение Bioinformatics Toolbox™, которое содержит данные уровня зонда Affymetrix, включая pmMatrix, матрица значений интенсивности пробы PM из нескольких файлов CEL.
```
load prostatecancerrawdata
```
Выполните настройку фона на значениях интенсивности зонда PM в матрице, pmMatrix, создав новую матрицу, BackgroundAdjustedMatrix.
```
 BackgroundAdjustedMatrix = rmabackadj(pmMatrix);
```
Выполните настройку фона на значениях интенсивности зонда PM только в столбце 3 матрицы pmMatrix, создав новую матрицу, BackgroundAdjustedChip3.
```
 BackgroundAdjustedChip3 = rmabackadj(pmMatrix(:,3));
```

The prostatecancerrawdata.mat файл, используемый в предыдущем примере, содержит данные Best et al., 2005.

Ссылки

[1] Irizarry, R.A., Hobbs, B., Collin, F., Beazer-Barclay, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., Speed, T.P. (2003). Исследования, нормализация и сводные данные данных уровня зонда олигонуклеотидного массива высокой плотности. Биостатистика 4, 249-264.

[2] Болстад, Б. (2005). «аффи: встроенные методы обработки» https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/ inst/doc/builtinMethods.pdf

[3] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собери, Я., Эриксон, Х.С., Георгиевич, Л., Тангрея, М.А., Duray, P.H., Gonsalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после андрогенной абляции. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.

См. также

Введенный в R2006a

Документация