Филогенетический анализ

Восстановите, просмотрите, взаимодействуйте с и отредактируйте филогенетические деревья; загрузите методы для оценки доверия; синонимичный и несинонимичный анализ

Приложения

Phylogenetic TreeВизуализируйте, отредактируйте и исследуйте филогенетические древовидные данные

Функции

seqlinkageСоздайте филогенетическое дерево из попарных расстояний
seqneighjoinСоздайте филогенетическое дерево с помощью соединяющего соседа метода
seqpdistВычислите попарное расстояние между последовательностями
phytreeviewerВизуализируйте, отредактируйте и исследуйте филогенетические древовидные данные
dndsОцените синонимичные и несинонимичные уровни замены
dndsmlОцените синонимичные и несинонимичные уровни замены с помощью метода максимального правдоподобия
gethmmtreeПолучите филогенетические древовидные данные от базы данных PFAM
seqinsertgapsВставьте разрывы в нуклеотид или последовательность аминокислот

Классы

phytreeСоздайте объект phytree
phytree objectСтруктура данных, содержащая филогенетическое дерево

Темы

Филогенетический анализ

Филогенетический анализ является процессом, который вы используете, чтобы определить эволюционные отношения между организмами.

Используя приложение Phylogenetic Tree

Описание команд меню и функций создания пригодных для печати древовидных фигур.

Утилиты последовательности и статистика

Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.

Рекомендуемые примеры

Building a Phylogenetic Tree for the Hominidae Species

Создание Phylogenetic Tree для разновидностей Hominidae

Создайте филогенетические деревья из mtDNA последовательностей для таксонов Hominidae (также известный pongidae). Это семейство охватывает горилл, шимпанзе, орангутанов и людей.

Открыть скрипт
Analyzing the Origin of the Human Immunodeficiency Virus

Анализ источника вируса иммунодефицита человека

Создайте филогенетические деревья из нескольких деформаций HIV и вирусов SIV.

Открыть скрипт
Reconstructing the Origin and the Diffusion of the SARS Epidemic

Восстановление источника и диффузии эпидемии SARS

Анализ источника и диффузия эпидемии SARS. Это основано на обсуждении вирусной филогении, представленной в Главе 7 "Введения в Вычислительную Геномику. Подход Тематических исследований" [1].

Открыть скрипт
Bootstrapping Phylogenetic Trees

Начальная загрузка филогенетических деревьев

Сгенерируйте начальную загрузку, реплицирует последовательностей ДНК. Данные, сгенерированные начальной загрузкой, используются, чтобы оценить доверие ветвей в филогенетическом дереве.

Скрипт Open Live Script
Analyzing the Human Distal Gut Microbiome

Анализ человеческого дистального микробиома пищеварительного тракта

Несколько способов визуализировать результаты функциональных метагеномных исследований. Обсуждение основано на двух исследованиях, фокусирующихся на метагеномном анализе человеческого дистального микробиома пищеварительного тракта.

Открыть скрипт
Using Scoring Matrices to Measure Evolutionary Distance

Используя выигрыш матриц, чтобы измерить эволюционное расстояние

Обработайте Матрицы Выигрыша с инструментами выравнивания последовательности. Пример использует белки, сопоставленные с ретинобластомой, болезнью, вызванной опухолью, которая разрабатывает из незрелой сетчатки.

Скрипт Open Live Script

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте