codonbias
Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной для в последовательности нуклеотида
Синтаксис
CodonFreq = codonbias(SeqNT)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Pie', PieValue, ...)
Входные параметры
SeqNT | Одно из следующего:
Допустимые символы включают
|
GeneticCodeValue | Целое число, вектор символов или строка, задающая номер генетического кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Значением по умолчанию является Совет Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени. |
FrameValue | Целое число, задающее рамку считывания в последовательности нуклеотида. Выбором является |
ReverseValue | Управляет возвратом частоты кодона для противоположной дополнительной последовательности последовательности нуклеотида, заданной SeqNT. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
AmbiguousValue | Вектор символов или строка, задающая, как обработать кодоны, содержащие неоднозначные символы нуклеотида (
|
PieValue | Управляет созданием фигуры 20 круговых диаграмм, один для каждой аминокислоты. Выбором является true или false (значение по умолчанию). |
Выходные аргументы
CodonFreq | Структура MATLAB, содержащая поле для каждой аминокислоты, каждый из которых содержит связанные частоты кодона как проценты. |
Описание
Много аминокислот закодированы двумя или больше кодонами нуклеиновой кислоты. Однако вероятность, что определенный кодон (от всех возможных кодонов для аминокислоты) используется, чтобы закодировать аминокислоту, варьируется между последовательностями. Знание частоты каждого кодона в последовательности кодирования белка для каждой аминокислоты является полезной статистической величиной.
CodonFreq = codonbias(SeqNT)SeqNT, последовательность нуклеотида, и возвращает результаты в CodonFreq, структура MATLAB, содержащая поле для каждой аминокислоты.
CodonFreq = codonbias (SeqNTPropertyName ', PropertyValue, ...)codonbias с дополнительными свойствами, которые используют имя свойства / пары значения свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должен быть заключен в одинарные кавычки и нечувствительный к регистру. Это имя свойства / пары значения свойства следующие:
задает генетический код. Выбор для CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'GeneticCode', GeneticCodeValue, ...)GenetidCodeValue целое число, вектор символов или строка, задающая номер кода или кодовое название из таблицы Genetic Code. Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум символам имени. Значением по умолчанию является 1 или 'Standard'.
Совет
Если вы используете кодовое название, можно обрезать имя к первым двум буквам имени.
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Frame', FrameValue, ...)FrameValue, который может быть 1 (значение по умолчанию), 2, или 3.
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Reverse', ReverseValue, ...)SeqNT. Выбором является true или false (значение по умолчанию).
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Ambiguous', AmbiguousValue, ...)'ignore' (значение по умолчанию), 'prorate', и 'warn'.
CodonFreq = codonbias(SeqNT,
...'Pie', PieValue, ...)true или false (значение по умолчанию).
Генетический код
| Номер кода | Кодовое название |
|---|---|
1 | Standard |
2 | Vertebrate Mitochondrial |
3 | Yeast Mitochondrial |
4 | Mold, Protozoan, Coelenterate Mitochondrial, и Mycoplasma/Spiroplasma |
5 | Invertebrate Mitochondrial |
6 | Ciliate, Dasycladacean, и Hexamita Nuclear |
9 | Echinoderm Mitochondrial |
10 | Euplotid Nuclear |
11 | Bacterial и Plant Plastid |
12 | Alternative Yeast Nuclear |
13 | Ascidian Mitochondrial |
14 | Flatworm Mitochondrial |
15 | Blepharisma Nuclear |
16 | Chlorophycean Mitochondrial |
21 | Trematode Mitochondrial |
22 | Scenedesmus Obliquus Mitochondrial |
23 | Thraustochytrium Mitochondrial |
Примеры
Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты
Импортируйте последовательность нуклеотида из GenBank® база данных в программное обеспечение MATLAB. Например, получите последовательность ДНК что коды для человеческого приемника инсулина.
S = getgenbank('M10051');Вычислите частоту кодона для каждой аминокислоты, закодированной для последовательностью ДНК, и затем постройте результаты.
cb = codonbias(S.Sequence,'PIE',true)
Получите частоту кодона для аланина (A) аминокислота.
cb.Ala
ans =
Codon: {'GCA' "GCC' "GCG' 'GCT'}
Freq: [0.1600 0.3867 0.2533 02000]