Филогенетический анализ является процессом, который вы используете, чтобы определить эволюционные отношения между организмами. Результаты анализа могут чертиться в иерархической схеме, названной кладограммой или phylogram (филогенетическое дерево). Ответвления в дереве основаны на предполагавшихся эволюционных отношениях (филогения) между организмами. Каждый участник в ответвлении, также известном как монофилетическую группу, принят, чтобы произойти от общего предка. Первоначально, филогенетические деревья были созданы с помощью морфологии, но теперь, определение эволюционных отношений включает соответствие с шаблонами в последовательности белка и нуклеиновую кислоту. Bioinformatics Toolbox™ обеспечивает следующую структуру данных и функции для филогенетического анализа.
Филогенетические древовидные данные — Чтение и записывает Newick-отформатированные древовидные файлы (phytreeread, phytreewrite) в MATLAB® Workspace как филогенетические древовидные объекты (phytree).
Создайте филогенетическое дерево — Вычисляют попарное расстояние между биологическими последовательностями (seqpdist), оценивают уровни замены (dnds, dndsml), создают филогенетическое дерево из попарных расстояний (seqlinkage, seqneighjoin, reroot), и просматривают дерево в интерактивном графический интерфейсе пользователя, который позволяет вам просматривать, редактировать и исследовать данные (phytreeviewer или view). Этот графический интерфейс пользователя также позволяет вам сокращать ответвления, переупорядочивать, переименовывать и исследовать расстояния.
Филогенетические древовидные методы объекта — можно получить доступ к функциональности методов использования пользовательского интерфейса phytreeviewer для филогенетического древовидного объекта (phytree). Получите значения свойств (get) и имена узла (getbyname). Вычислите принадлежащие отцам церкви расстояния между парами вершин (pdist, weights) и чертите филогенетический древовидный объект в окне MATLAB Figure как phylogram, кладограмма или радиальный treeplot (plot). Управляйте древовидными данными путем выбора ответвлений и листов с помощью заданного критерия (select, subtree) и удаляя узлы (prune). Сравните деревья (getcanonical) и используйте Newick-отформатированные-строки (getnewickstr).
