Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных. Используйте графический интерфейс пользователя (GUI) со многими функциями последовательности в тулбоксе (seqviewer).
Преобразование последовательности и манипуляция — тулбокс обеспечивает стандартные программы для общих операций, таких как преобразование DNA или последовательностей RNA к последовательностям аминокислот, которые являются основными к работе с нуклеиновой кислотой и последовательностями белка (aa2int, aa2nt, dna2rna, rna2dna, int2aa, int2nt, nt2aa, nt2int, seqcomplement, seqrcomplement, seqreverse).
Можно управлять последовательностью путем выполнения в silico пищеварении с эндонуклеазами ограничения (restrict) и протеазы (cleave).
Статистические данные последовательности — Определяют различную статистику о последовательности (aacount, basecount, codoncount, dimercount, nmercount, ntdensity, codonbias, cpgisland, oligoprop), ищут определенные шаблоны в последовательности (seqshowwords, seqwordcount), или ищут открытые рамки считывания (seqshoworfs). Кроме того, можно создать случайные последовательности для тестов (randseq).
Утилиты последовательности — Решают, что последовательность согласия от ряда умножает выровненную аминокислоту, последовательности нуклеотида (seqconsensus или профиль последовательности (seqprofile). Отформатируйте последовательность для отображения (seqdisp) или графически покажите выравнивание последовательности с данными о частоте (seqlogo).
Дополнительные функции MATLAB® эффективно обрабатывают строковые операции с регулярными выражениями (regexp, seq2regexp), чтобы искать определенные шаблоны в последовательности и перерыть библиотеку для соответствий строки (seqmatch).
Ищите возможные сайты разламывания в последовательности DNA/RNA путем поиска палиндромов (palindromes).
