nmercount

Считайте n-mers в нуклеотиде или последовательности аминокислот

Синтаксис

Nmer = nmercount(Seq, Length) Nmer = nmercount(Seq, Length, C)

Входные параметры

Seq

Одно из следующего:

Вектор символов или строка, задающая последовательность нуклеотида или последовательность аминокислот. Для допустимых алфавитных кодов см. таблицу Mapping Nucleotide Letter Codes to Integers или таблицу Mapping Amino Acid Letter Codes to Integers.
Структура MATLAB^®, содержащая поле Sequence, которое содержит последовательность нуклеотида или последовательность аминокислот, такой, как возвращено fastaread, fastqread, emblread, getembl, genbankread, getgenbank, getgenpept, genpeptread, getpdb или pdbread.

Length

Целое число, задающее длину n-mer, чтобы рассчитать.

Выходные аргументы

Nmer Массив ячеек, содержащий n-mer, рассчитывает в Seq.

Описание

Nmer = nmercount(Seq, Length) считает n-mers или шаблоны определенной длины в Seq, последовательности нуклеотида или последовательности аминокислот, и возвращает количества n-mer в массиве ячеек.

Nmer = nmercount(Seq, Length, C) возвращает только n-mers с кардинальностью, по крайней мере, C.

Примеры

Используйте функцию getgenpept, чтобы получить последовательность аминокислот для человеческого приемника инсулина.
```
S = getgenpept('AAA59174','SequenceOnly',true);
```

Считайте количество четырех-mers в последовательности аминокислот и отобразите первые 20 строк в массиве ячеек.

nmers = nmercount(S,4);
nmers(1:20,:)

ans = 
    'APES'    [2]
    'DFRD'    [2]
    'ESLK'    [2]
    'FRDL'    [2]
    'GNYS'    [2]
    'LKEL'    [2]
    'SHCQ'    [2]
    'SLKD'    [2]
    'SVRI'    [2]
    'TDYL'    [2]
    'TSLA'    [2]
    'TVIN'    [2]
    'VING'    [2]
    'VPLD'    [2]
    'YALV'    [2]
    'AAAA'    [1]
    'AAAP'    [1]
    'AAEI'    [1]
    'AAEL'    [1]
    'AAFP'    [1]

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.

Документация