Exponenta Banner

nmercount

Считайте n-mers в нуклеотиде или последовательности аминокислот

Синтаксис

Nmer = nmercount(Seq, Length)
Nmer = nmercount(Seq, Length, C)

Входные параметры

Seq

Одно из следующего:

Length

Целое число, задающее длину n-mer, чтобы рассчитать.

Выходные аргументы

NmerМассив ячеек, содержащий n-mer, рассчитывает в Seq.

Описание

Nmer = nmercount(Seq, Length) считает n-mers или шаблоны определенной длины в Seq, последовательности нуклеотида или последовательности аминокислот, и возвращает количества n-mer в массиве ячеек.

Nmer = nmercount(Seq, Length, C) возвращает только n-mers с кардинальностью, по крайней мере, C.

Примеры

  1. Используйте функцию getgenpept, чтобы получить последовательность аминокислот для человеческого приемника инсулина.

    S = getgenpept('AAA59174','SequenceOnly',true);

  2. Считайте количество четырех-mers в последовательности аминокислот и отобразите первые 20 строк в массиве ячеек.

    nmers = nmercount(S,4);
nmers(1:20,:)

ans = 
    'APES'    [2]
    'DFRD'    [2]
    'ESLK'    [2]
    'FRDL'    [2]
    'GNYS'    [2]
    'LKEL'    [2]
    'SHCQ'    [2]
    'SLKD'    [2]
    'SVRI'    [2]
    'TDYL'    [2]
    'TSLA'    [2]
    'TVIN'    [2]
    'VING'    [2]
    'VPLD'    [2]
    'YALV'    [2]
    'AAAA'    [1]
    'AAAP'    [1]
    'AAEI'    [1]
    'AAEL'    [1]
    'AAFP'    [1]

Смотрите также

| | |

Представлено до R2006a

Документация Bioinformatics Toolbox
Поддержка