affyrma | Выполнение процедуры RMA для данных уровня зонда микрочипа Affymetrix |
affygcrma | Выполнение процедуры GC Brustable Multi-array Average (GCRMA) для данных уровня зонда микрочипа Affymetrix |
affyinvarsetnorm | Выполнить нормализацию инвариантного набора рангов по интенсивностям зондов из нескольких файлов Affymetrix CEL или DAT |
affyprobeaffinities | Вычислить аффинированность зондов Affymetrix по их последовательностям и интенсивности зондов MM |
affysnpintensitysplit | Информация об интенсивности зонда Split Affymetrix SNP для аллелей A и B |
affysnpquartets | Создать таблицу результатов квартета зондов SNP для набора зондов Affymetrix |
probesetvalues | Создание таблицы значений интенсивности набора зондов Affymetrix |
probesetlookup | Поиск информации для набора зондов Affymetrix |
probesetplot | Установить значения интенсивности зонда Plot Affymetrix |
probesetlink | Отображение информации о наборе зондов на веб-сайте NetAffx |
probelibraryinfo | Создание таблицы информации библиотеки набора зондов |
rmabackadj | Выполните фоновую корректировку данных на уровне зондов микрочипов Affymetrix с помощью процедуры RMA (Rability Multi-array Average) |
rmasummary | Рассчитайте значения экспрессии генов по данным уровня зонда микрочипа Affymetrix, используя процедуру RMA (Rability Multi-array Average) |
gcrma | Выполнить корректировку фона, нормализацию квантилей и суммирование среднеполостных данных на уровне микрочипов Affymetrix |
gcrmabackadj | Выполните корректировку фона GC Rustive Multi-array Average (GCRMA) для данных на уровне зондов микрочипов Affymetrix с использованием информации о последовательности |
zonebackadj | Выполнить фоновую корректировку данных уровня зонда микрочипа Affymetrix зональным методом |
manorm | Нормализация данных микрочипов |
quantilenorm | Нормализация квантования для нескольких массивов |
mainvarsetnorm | Выполнить нормализацию рангового инвариантного набора по значениям экспрессии генов из двух экспериментальных условий или фенотипов |
malowess | Сглаживание данных микрочипов методом Lowess |
exprprofrange | Рассчитать диапазон профилей экспрессии генов |
exprprofvar | Рассчитать дисперсию профилей экспрессии генов |
geneentropyfilter | Удалить гены с низкими значениями экспрессии энтропии |
genelowvalfilter | Удалить профили генов с низкими абсолютными значениями |
generangefilter | Удаление профилей генов с небольшими диапазонами профилей |
genevarfilter | Фильтровать гены с небольшой дисперсией профиля |
maimage | Пространственное изображение для данных микрочипов |
microplateplot | Визуализация отображения микротитрационной пластины |
ilmnbslookup | Поиск целевой последовательности (зонда) Illumina BeadStudio и информации аннотации |
magetfield | Извлечение данных из структуры микрочипов |
