Exponenta Banner
exponenta event banner

getData

Класс: GTFAnnotation

Создание структуры, содержащей подмножество данных из GTFAnnotation объект

Синтаксис

AnnotStruct = getData(AnnotObj)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos)
AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset)
AnnotStruct = getData(___,Name,Value)

Описание

AnnotStruct = getData(AnnotObj) прибыль AnnotStruct, массив структур, содержащий данные из всех элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames имущество AnnotObj.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,StartPos,EndPos) прибыль AnnotStructмассив структур, содержащих данные из подмножества элементов в AnnotObj который попадает в каждый диапазон ссылочной последовательности, указанный StartPos и EndPos.

AnnotStruct = getData(AnnotObj,Subset) прибыль AnnotStructмассив структур, содержащий подмножество данных из AnnotObj указано Subset, вектор целых чисел.

AnnotStruct = getData(___,Name,Value) прибыль AnnotStruct, массив структур, использующий любой из входных аргументов из предыдущих синтаксисов и дополнительных параметров, заданных одним или несколькими Name,Value аргументы пары.

Входные аргументы

AnnotObj

Объект GTFAnnotation класс.

StartPos

Неотрицательное целое число, указывающее начало диапазона в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целое число StartPos должно быть меньше или равно EndPos.

EndPos

Неотрицательное целое число, указывающее конец диапазона в каждой ссылочной последовательности в AnnotObj. Целое число EndPos должно быть больше или равно StartPos.

Subset

Вектор положительных целых чисел, равный или меньший числа записей в объекте. Использовать вектор Subset для извлечения любого элемента или подмножества данных из объекта.

Аргументы пары «имя-значение»

Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.

'Reference'

Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одну или несколько опорных последовательностей в AnnotObj. Только аннотации, ссылочное поле которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включаются в AnnotStruct.

'Feature'

Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько элементов в AnnotObj. Только аннотации, поле элемента которых соответствует одному из векторов символов или строк, включаются в AnnotStruct.

'Gene'

Символьный вектор, строка, строковый вектор или клеточный массив символьных векторов, задающих один или несколько генов в AnnotObj. Только аннотации, поле гена которых соответствует одному из векторов символов или строк, включены в AnnotStruct.

'Transcript'

Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько транскриптов в AnnotObj. Только аннотации, поле транскрипта которых совпадает с одним из векторов символов или строк, включаются в AnnotStruct.

'Overlap'

Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в диапазоне для включения в AnnotStruct. Это значение может быть любым из следующих:

  • Положительное целое число

  • 'full' - Аннотация должна полностью содержаться в диапазоне, который будет включен.

  • 'start' - Начальное положение аннотации должно находиться в пределах диапазона, который необходимо включить.

По умолчанию: 1

Выходные аргументы

AnnotStruct

Массив структур, содержащих данные из элементов в AnnotObj. Поля в структурах возврата совпадают с элементами в FieldNames имущество AnnotObj, и указанный в GTF2.2: Формат аннотации гена. В частности, эти поля:

  • Reference

  • Start

  • Stop

  • Feature

  • Gene

  • Transcript

  • Source

  • Score

  • Strand

  • Frame

  • Attributes

Примеры

Пример 20. Извлечение подмножеств данных из объекта GTFAnnotation

Построить GTFAnnotation с использованием файла в формате GTF, поставляемого с Toolbox™ биоинформатики.

GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Извлеките данные аннотации для позиций от 668 000 до 680 000 из ссылочной последовательности.

AnnotStruct1 = getData(GTFAnnotObj,668000,680000)

AnnotStruct1 = 

18x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Gene
    Transcript
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Извлеките первые пять аннотаций из объекта.

AnnotStruct2 = getData(GTFAnnotObj,[1:5])

AnnotStruct2 = 

5x1 struct array with fields:
    Reference
    Start
    Stop
    Feature
    Gene
    Transcript
    Source
    Score
    Strand
    Frame
    Attributes

Совет

Используя getdata создает структуру, которая обеспечивает лучший доступ к данным аннотации, чем объект.

  • Можно получить доступ ко всем значениям полей в структуре.

  • Можно не только извлекать значения полей, но также присваивать и удалять значения.

  • Линейное индексирование можно использовать для доступа к значениям полей определенных аннотаций. Например, можно получить доступ к начальному значению только пятой аннотации.

См. также

| | | | | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка