Exponenta Banner
exponenta event banner

getTranscripts

Класс: GTFAnnotation

Таблица возврата уникальных транскриптов в GTFAnnotation объект

развернуть все на странице

Синтаксис

transcriptsTable = getTranscripts (AnnotObj)
transcriptsTable = getTranscripts (AnnotObj, «Ссылка», R)
transcriptsTable = getТранскрипты (AnnotObj, 'Ген', G)
transcriptsTable = getTranscripts (AnnotObj, 'Стенограмма', T)

Описание

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj) прибыль transcriptsTableтаблица транскриптов, на которые ссылаются экзоны в AnnotObj.

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Reference',R) возвращает транскрипты, принадлежащие ссылкам, указанным вR.

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Gene',G) возвращает транскрипт (ы), которые принадлежат гену (ам), указанному ( ым)G.

transcriptsTable = getTranscripts(AnnotObj,'Transcript',T) возвращает транскрипт (ы), указанный (ые) T.

Входные аргументы

развернуть все

Аннотация GTF, указанная как GTFAnnotation объект.

Имена ссылочных последовательностей, указанных как символьный вектор, строка, строковый вектор, массив ячеек символьных векторов или категориальный массив.

Имена должны происходить от Reference поле AnnotObj. Если имя не существует, функция выдает предупреждение и игнорирует его.

Имена генов, указанных как символьный вектор, строка, строковый вектор, клеточный массив символьных векторов или категориальный массив.

Имена должны происходить от Gene поле AnnotObj. Если имя не существует, функция выдает предупреждение и игнорирует его.

Имена транскриптов, указанных как символьный вектор, строка, строковый вектор, клеточный массив символьных векторов или категориальный массив.

Имена должны происходить от Transcript поле AnnotObj. Если имя не существует, функция выдает предупреждение и игнорирует его.

Выходные аргументы

развернуть все

Стенограммы, возвращенные в виде таблицы. Таблица содержит следующие переменные для каждого стенограммы.

Имя переменнойОписание
TranscriptМассив ячеек символьных векторов, содержащих идентификаторы транскриптов, полученные из Transcript поле AnnotObj.
GeneNameКлеточный массив векторов символов, содержащий имена экспрессированных генов, полученных из Attributes поле AnnotObj. Этот клеточный массив может содержать пустые символьные векторы, если соответствующие имена генов не найдены в Attributes.
GeneIDКлеточный массив векторов символов, содержащий экспрессируемые идентификаторы генов, полученные из Gene поле AnnotObj.
ReferenceКатегориальный массив, представляющий названия эталонных последовательностей, к которым принадлежат экспрессированные гены. Имена ссылок получены из Reference поле AnnotObj.
StartНачальное расположение первого экзона в каждом транскрипте.
StopОстановите расположение последнего экзона в каждом транскрипте.
StrandКатегориальный массив, содержащий цепь экспрессированного гена.

Примеры

развернуть все

Открыть сценарий в реальном времени

Создайте объект GTFAnnotation из файла в формате GTF.

obj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');

Получите список имен генов, перечисленных в объекте.

gNames = getGeneNames(obj)
gNames = 28x1 cell
    {'uc002qvu.2'}
    {'uc002qvv.2'}
    {'uc002qvw.2'}
    {'uc002qvx.2'}
    {'uc002qvy.2'}
    {'uc002qvz.2'}
    {'uc002qwa.2'}
    {'uc002qwb.2'}
    {'uc002qwc.1'}
    {'uc002qwd.2'}
    {'uc002qwe.3'}
    {'uc002qwf.2'}
    {'uc002qwg.2'}
    {'uc002qwh.2'}
    {'uc002qwi.3'}
    {'uc002qwk.2'}
    {'uc002qwl.2'}
    {'uc002qwm.1'}
    {'uc002qwn.1'}
    {'uc002qwo.1'}
    {'uc002qwp.2'}
    {'uc002qwq.2'}
    {'uc010ewe.2'}
    {'uc010ewf.1'}
    {'uc010ewg.2'}
    {'uc010ewh.1'}
    {'uc010ewi.2'}
    {'uc010yim.1'}

Получить таблицу транскриптов, которые принадлежат первому гену uc002qvu.2.

transcripts = getTranscripts(obj,'Gene',gNames{1})
transcripts=1×7 table
      Transcript       GeneName         GeneID        Reference    Start      Stop     Strand
    ______________    __________    ______________    _________    ______    ______    ______

    {'uc002qvu.2'}    {0x0 char}    {'uc002qvu.2'}      chr2       218138    249852      -

См. также

| | | | | | | | | | |

Темы

Внешние веб-сайты

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка