Класс: GTFAnnotation
Возврат массива индексов аннотаций из GTFAnnotation объект
Idx = getIndex(AnnotObj)
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)
Idx = getIndex(___,Name,Value)
Idx = getIndex(AnnotObj)Idxмассив целых чисел, содержащий индекс каждой аннотации в AnnotObj.
Idx = getIndex(AnnotObj,StartPos,EndPos)Idx для подмножества элементов, которое попадает в каждый диапазон ссылочной последовательности, указанный StartPos и EndPos.
Idx = getIndex(___,Name,Value)Idx, используя любой из входных аргументов из предыдущих синтаксисов и дополнительных параметров, заданных одним или несколькими Name,Value аргументы пары.
|
Объект |
|
Неотрицательное целое число, указывающее начало диапазона в каждой ссылочной последовательности в |
|
Неотрицательное целое число, указывающее конец диапазона в каждой ссылочной последовательности в |
Укажите дополнительные пары, разделенные запятыми Name,Value аргументы. Name является именем аргумента и Value - соответствующее значение. Name должен отображаться внутри кавычек. Можно указать несколько аргументов пары имен и значений в любом порядке как Name1,Value1,...,NameN,ValueN.
|
Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих одну или несколько опорных последовательностей в |
|
Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько элементов в |
|
Символьный вектор, строка, строковый вектор или клеточный массив символьных векторов, задающих один или несколько генов в |
|
Символьный вектор, строка, строковый вектор или массив ячеек символьных векторов, задающих один или несколько транскриптов в |
|
Минимальное количество базовых позиций, которые аннотация должна перекрывать в диапазоне для включения ее индекса в
По умолчанию: |
|
Массив целых чисел, представляющих индексы элементов в |
Построить GTFAnnotation с использованием файла в формате GTF, поставляемого с Toolbox™ биоинформатики.
GTFAnnotObj = GTFAnnotation('hum37_2_1M.gtf');
Извлеките индексы аннотаций для позиций от 210 000 до 220 000 из ссылочной последовательности.
Idx = getIndex(GTFAnnotObj,210000,220000)
Idx =
7
15
16
17
36
47
48
49
69
70
71
89
99
111
112
113getData (GTFAnnotation) | getFeatureNames (GTFAnnotation) | getGeneNames (GTFAnnotation) | getGenes (GTFAnnotation) | getIndex (GTFAnnotation) | getRange (GTFAnnotation) | getReferenceNames (GTFAnnotation) | getSegments (GTFAnnotation) | getSubset (GTFAnnotation) | getTranscripts (GTFAnnotation) | GFFAnnotation | GTFAnnotation