Статистический анализ

Считайте обобщение и статистический анализ данных RNA-seq и ChIP-seq

Подсчитайте количество чтений, сопоставленных с интересующими геномными функциями. Выполните статистический анализ счетчиков считанных данных, таких как идентификация дифференциально экспрессированных генов по данным РНК-seq и выполнение анализа факторов транскрипции по всему геному по данным ChIP-seq.

Функции

`cufflinks`	Соберите транскриптом из выровненных показаний
`cuffcompare`	Сравнение собранных транскриптов в нескольких экспериментах
`cuffdiff`	Идентифицируйте значительные изменения в выражении транскрипта
`cuffmerge`	Объедините сборки RNA-seq
`cuffnorm`	Нормализуйте уровни выражения транскрипта
`cuffquant`	Количественная оценка профилей экспрессии генов и транскриптов
`cuffgffread`	Фильтрация и преобразование файлов GFF и GTF
`cuffgtf2sam`	Преобразуйте файлы GTF в файлы SAM
`mattest`	Выполните t-тест с двумя образцами, чтобы оценить дифференциальную экспрессию генов из двух экспериментальных условий или фенотипов
`mafdr`	Оцените положительную частоту ложных открытий для многократной проверки гипотез
`nbintest`	Непарный тест гипотезы для данных подсчета с небольшими размерами выборки
`featurecount`	Вычислите количество чтений, сопоставленных с геномными функциями
`metafeatures`	Алгоритм метагена аттрактора для разработки функций с использованием взаимного информационного обучения
`rankfeatures`	Оцените ключевые возможности по критериям разделимости классов
`randfeatures`	Сгенерируйте рандомизированное подмножество функций
`knnimpute`	Вписать отсутствующие данные с помощью метода ближайшего соседа
`crossvalind`	Сгенерируйте индексы для обучающих и тестовых наборов
`classperf`	Оцените эффективность классификатора

Классы

`NegativeBinomialTest`	Результат непарного теста гипотезы
`CuffCompareOptions`	Набор опций для `cuffcompare`
`CuffDiffOptions`	Набор опций для `cuffdiff`
`CuffGFFReadOptions`	Набор опций для `cuffgffread`
`CufflinksOptions`	Набор опций для `cufflinks`
`CuffMergeOptions`	Набор опций для `cuffmerge`
`CuffNormOptions`	Набор опций для `cuffnorm`
`CuffQuantOptions`	Набор опций для `cuffquant`

Темы

Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox

Загрузите и установите пакеты поддержки Bioinformatics для рабочих процессов NGS.

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.