Выравнивание показаний последовательности по ссылкам на последовательности с помощью Bowtie 1 (bowtie) и Боути 2 (bowtie2) функции выравнивания. Боути 1 ориентировано на выравнивание относительно коротких показаний (до 50 б.п.). Bowtie 2 больше подходит для показаний длиннее 50 б.п. и предоставляет несколько преимуществ, включая поддержку одно- и парных показаний, локальную и сквозную поддержку выравнивания и разрывное выравнивание с аффинными штрафами.
bowtie | Отобразите короткие чтения в ссылочную последовательность с помощью преобразования Burrows-Wheeler |
bowtiebuild | Сгенерируйте индекс с помощью преобразования Burrows-Wheeler |
bowtie2 | Сопоставить чтение последовательности в ссылочную последовательность |
bowtie2build | Создайте файлы индекса Bowtie 2 из ссылочных последовательностей |
bowtie2inspect | Смотрите файлы индекса Bowtie 2 |
bwaindex | Создайте индексы BWA из ссылочной последовательности |
bwamem | Последовательность Map читается для ссылки на геном с помощью BWA |
align2cigar | Преобразуйте выровненные последовательности в соответствующие сигнатуры в формате CIGAR |
cigar2align | Преобразуйте выровненные последовательности в выровненные с помощью сигнатур в формате CIGAR |
BioMap | Содержат данные последовательности, качества, выравнивания и отображения |
Bowtie2AlignOptions | Опции для сопоставления чтения с ссылочной последовательностью |
Bowtie2BuildOptions | Содержат опции для создания файлов индекса Bowtie 2 из ссылочных последовательностей |
Bowtie2InspectOptions | Содержит опции для просмотра файлов индекса Bowtie 2 |
BWAIndexOptions | Набор опций для bwaindex |
BWAMEMOptions | Набор опций для bwamem |
Визуализация данных NGS с помощью приложения Genomics Viewer
Используйте приложение Genomics Viewer, чтобы просмотреть данные выравнивания NGS для одиночных нуклеотидных изменений в гене цитохрома p450.
Пакеты поддержки ПО Bioinformatics Toolbox
Загрузите и установите пакеты поддержки Bioinformatics для рабочих процессов NGS.