Выполните процедуру Robust Multi-array Average (RMA) для данных уровня зонда микромассива Affymetrix
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile)
Expression = affyrma(ProbeStructure)
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CELPath', CELPathValue, ...)
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Method', MethodValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Truncate', TruncateValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Median', MedianValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Output', OutputValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Showplot', ShowplotValue, ...)
Expression = affyrma(...,
'Verbose', VerboseValue, ...)
CELFiles | Любое из следующих:
|
CDFFile | Одно из следующих:
|
ProbeStructure | MATLAB® структура, содержащая информацию из файлов CEL, включая интенсивность зондирования, индексы зондов и идентификаторы набора зондов, возвращенные |
CELPathValue | Вектор символов или строка, указывающая путь и папку, где файлы, указанные в |
CDFPathValue | Вектор символов или строка, указывающая путь и папку, в которой находится файл, указанный в |
MethodValue | Задает метод оценки для параметров модели корректировки фона. Варианты |
TruncateValue | Задает модель фонового шума. Варианты |
MedianValue | Задает использование медианы ранжированных значений вместо среднего для нормализации. Варианты |
OutputValue | Задает шкалу возвращенных значений экспрессии генов. Варианты:
В последнем случае данные преобразуются как определено функцией |
ShowplotValue | Управляет графическим изображением гистограммы, показывающей распределение значений интенсивности зонда PM (синий) и функции свертанного распределения вероятностей (красный) с предполагаемыми параметрами mu, sigma и альфа. Введите любой из Для примера:
|
VerboseValue | Управляет отображением состояния чтения файлов и обработки RMA. Варианты |
Expression | Объект DataMatrix, содержащий значения экспрессии генов на основе log2, которые были скорректированы, нормированы и суммированы с использованием процедуры Robust Multi-array Average (RMA). Каждая строка в |
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile)Expressionобъект DataMatrix, содержащий значения экспрессии генов на основе log2 в матрице, идентификаторы набора зондов в виде имен строк и имена файлов CEL в виде имен столбцов. Обратите внимание, что каждая строка в Expression соответствует гену (набору зондов), и каждый столбец соответствует файлу Affymetrix CEL. (Каждый файл CEL генерируется из отдельного чипа. Все чипы должны быть одного типа.)
CELFiles - вектор символов, строка, строковый вектор или массив ячеек векторов символов, содержащий имена файлов CEL. CDFFile - вектор символов или строка, задающая имя CDF-файла. Если вы задаете CELFiles на '*'затем считываются все файлы CEL в текущей папке. Если вы задаете CELFiles на ' ', затем откроется диалоговое окно Выбор файлов CEL, из которого вы выбираете файлы CEL.
Примечание
Для получения дополнительной информации о чтении файлов и обработке RMA, смотрите celintensityread, rmabackadj, quantilenorm, и rmasummary.
Expression = affyrma(ProbeStructure)ProbeStructure, структуру MATLAB, содержащую информацию из файлов CEL, включая интенсивность зондирования, индексы зондов и идентификаторы набора зондов, возвращенные celintensityread function, и возвращает Expression.
Expression = affyrma (..., 'PropertyName', PropertyValue, ...)affyrma с необязательными свойствами, которые используют пары имя/значение свойства. Можно задать одно или несколько свойств в любом порядке. Каждый PropertyName должны быть заключены в одинарные кавычки и нечувствительны к регистру. Эти имена свойства/пары значения свойств следующие:
задает путь и папку, в которой заданы файлы Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CELPath', CELPathValue, ...)CELFiles хранятся.
Expression = affyrma(CELFiles, CDFFile,
...'CDFPath', CDFPathValue, ...)CDFFile сохранен.
Expression = affyrma(...,
'Method', MethodValue, ...)MethodValue является 'RMA', affyrma реализует метод оценки, описанный Болстадом, 2005. Когда MethodValue является 'MLE', affyrma оценивает параметры, используя максимальную правдоподобность. По умолчанию это 'RMA'.
Expression = affyrma(...,
'Truncate', TruncateValue, ...)TruncateValue является false, affyrma использует неусеченный Гауссов в качестве модели фонового шума. По умолчанию это true.
Expression = affyrma(...,
'Median', MedianValue, ...)true или false (по умолчанию).
Expression = affyrma(...,
'Output', OutputValue, ...)OutputValue могут быть:
'log'
'log2'
'log10'
'linear'
functionname
В последнем случае данные преобразуются как определено функцией functionname. По умолчанию это 'log2'.
Expression = affyrma(...,
'Showplot', ShowplotValue, ...)ShowplotValue является 'all', rmabackadj строит гистограмму для каждого столбца или чипа. Когда ShowplotValue - число, список чисел или область значений чисел, rmabackadj строит гистограмму для указанного номера столбца (чипа).
Для примера:
(..., 'Showplot', 3,...) строит графики значений интенсивности в столбце 3.
(..., 'Showplot', [3,5,7],...) Строит графики значений интенсивности в столбцах 3, 5 и 7.
(..., 'Showplot', 3:9,...) Строит графики значений интенсивности в столбцах с 3 по 9.
Expression = affyrma(...,
'Verbose', VerboseValue, ...)true (по умолчанию) или false.
Следующий пример предполагает, что у вас есть HG_U95Av2.CDF файл библиотеки, хранящийся в D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome, и что ваша текущая папка указывает на расположение, содержащее файлы CEL, сопоставленные с этим файлом библиотеки CDF. В этом примере, affyrma функция считывает все файлы CEL в текущей папке и CDF-файл в указанной папке. Он также выполняет настройку фона RMA, нормализацию квантиля и процедуры суммирования на значениях интенсивности зонда PM и возвращает объект DataMatrix, содержащий метаданные и обработанные данные.
Expression = affyrma('*', 'HG_U95Av2.CDF',...
'CDFPath', 'D:\Affymetrix\LibFiles\HGGenome');
[1] Irizarry, R.A., Hobbs, B., Collin, F., Beazer-Barclay, Y.D., Antonellis, K.J., Scherf, U., Speed, T.P. (2003). Исследования, нормализация и сводные данные данных уровня зонда олигонуклеотидного массива высокой плотности. Биостатистика. 4, 249–264.
[2] Mosteller, F., and Tukey, J. (1977). Анализ и регрессия данных (Reading, Massachusetts: Addison-Wesley Publishing Company), стр. 165-202.
[3] Best, C.J.M., Gillespie, J.W., Yi, Y., Chandramouli, G.V.R., Perlmutter, M.A., Собери, Я., Эриксон, Х.С., Георгиевич, Л., Тангрея, М.А., Duray, P.H., Gonsalez, S., Velasco, A., Linehan, W.M., Matusik, R.J., Price, D.K., Figg, W.D., Emmert-Buck, M.R., and Chuaqui, R.F. (2005). Молекулярные изменения при первичном раке предстательной железы после андрогенной абляции. Клинические исследования рака 11, 6823-6834.
[4] Болстад, Б. (2005). «аффи: встроенные методы обработки» https://www.bioconductor.org/packages/2.1/bioc/vignettes/affy/ inst/doc/builtinMethods.pdf
affygcrma | celintensityread | gcrma | mafdr | mattest | quantilenorm | rmabackadj | rmasummary