bioma.data.MIAME class

Пакет: bioma.data
Суперклассы:

Содержащая информацию об эксперименте из эксперимента по экспрессии генов микромассивов

Описание

Класс MIAME предназначен для того, чтобы содержать информацию об экспериментальных методах и условиях из эксперимента по экспрессии гена микромассивов. Он свободно соответствует спецификации Minimum Information About a Microarray Experiment (MIAME). Он может включать информацию о:

Проект эксперимента
Микромассивы, используемые в эксперименте
Используемые выборки
Подготовка образца и маркировка
Процедуры и параметры гибридизации
Управление нормализацией
Предварительная обработка информации
Спецификации обработки данных

Он предоставляет удобный способ хранения связанной информации об эксперименте с микромассивами в одной структуре данных (объекте).

Класс MIAME включает свойства и методы, которые позволяют вам получить доступ, извлечь и изменить информацию об эксперименте, связанную с микромассивом экспериментом. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа информации.

Конструкция

MIAMEobj = bioma.data.MIAME() создает пустой объект MIAME для хранения информации об эксперименте из эксперимента по экспрессии генов микромассивов.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(GeoSeriesStruct) создает объект MIAME из структуры, содержащей данные серии Gene Expression Omnibus (GEO).

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, заданных как имя свойства/property значением пар.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Investigator', InvestigatorValue) задает имя исследователя эксперимента.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Lab', LabValue) определяет лабораторию, которая провела эксперимент.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'Contact', ContactValue) определяет контактную информацию для исследователя эксперимента или лаборатории.

MIAMEobj = bioma.data.MIAME(...,'URL', URLValue) задает URL-адрес эксперимента.

Входные параметры

`GeoSeriesStruct`	Данные серии Gene Expression Omnibus (GEO), заданные в: MATLAB^® структура, возвращенная `getgeodata` функция `Structure.Header.Series` подструктура, возвращенная `getgeodata` функция
`InvestigatorValue`	Вектор символов, задающий имя исследователя эксперимента.
`LabValue`	Вектор символов, указывающий лабораторию, которая провела эксперимент.
`ContactValue`	Вектор символов, указывающий контактную информацию для исследователя эксперимента или лаборатории
`URLValue`	Вектор символов, задающий URL-адрес эксперимента.

Свойства

`Abstract`	Аннотация, описывающая эксперимент Вектор символов, содержащий абстракт, описывающий эксперимент.
`Arrays`	Информация о микрочипах микромассивов, используемых в эксперименте Массив ячеек, содержащий информацию о микрочипах микромассивов, используемых в эксперименте. Информация может включать имя массива, платформу массива, количество функций в массиве и так далее.
`Contact`	Контактная информация для исследователя эксперимента или лаборатории Символьный массив, содержащий контактную информацию для исследователя эксперимента или лаборатории.
`ExptDesign`	Краткое описание проекта эксперимента Символьный массив, содержащий описание проекта эксперимента.
`Hybridization`	Информация о гибридизации эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о протоколе гибридизации, используемом в эксперименте. Информация может включать время гибридизации, концентрацию, объем, температуру и так далее.
`Investigator`	Имя исследователя эксперимента Символьный массив, содержащий имя исследователя эксперимента.
`Laboratory`	Имя лаборатории, в которой проводился эксперимент Символьный массив, содержащий имя лаборатории.
`Other`	Другая информация об эксперименте Массив ячеек, содержащий другую информацию об эксперименте, не охваченный другими свойствами.
`Preprocessing`	Информация о шагах предварительной обработки эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о шагах предварительной обработки, используемых на данных эксперимента.
`PubMedID`	Идентификаторы PubMed для соответствующих публикаций. Символьный массив, содержащий идентификаторы PubMed для документов, имеющих отношение к набору данных, используемому в эксперименте.
`QualityControl`	Информация о контроле качества эксперимента Массив ячеек, содержащий информацию о шагах контроля качества эксперимента. Информация может включать репликаты, обмен красителем и так далее.
`Samples`	Информация о выборках, используемых в эксперименте Массив ячеек, содержащий информацию о выборках, используемых в эксперименте. Информация может включать источник образца, организм образца, тип обработки, соединение, протокол маркировки, внешний контроль и так далее.
`Title`	Заголовок эксперимента Символьный массив, содержащий заголовок эксперимента с одним предложением.
`URL`	URL для эксперимента Символьный массив, содержащий URL для эксперимента.

Методы

объединиться	Объедините два объекта MIAME
isempty	Определите, пуст ли объект MIAME

Иерархия образцов

Объект ExpressionSet содержит объект MIAME.

Признаки

Чтобы узнать об атрибутах классов, см. «Атрибуты класса».

Копировать семантику

Значение. Чтобы узнать, как это влияет на использование класса, см. раздел «Копирование объектов».

Примеры

свернуть все

Создайте объект MIAME

Создайте структуру MATLAB, содержащую данные серии Gene Expression Omnibus (GEO).

geoStruct = getgeodata('GSE4616');

Импортируйте пакет bioma.data, чтобы сделать конструктор доступным.

import bioma.data.*

Создайте объект MIAME из структуры.

MIAMEObj1 = MIAME(geoStruct)

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Укажите URL для объекта MIAME.

MIAMEObj1.URL = 'www.nonexistinglab.com'

MIAMEObj1 = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,KivelÃ¤
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: www.nonexistinglab.com
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Также можно создать объект MIAME с помощью настроенных свойств.

MIAMEObj2 = MIAME('investigator', 'Jane Researcher',...
                  'lab', 'One Bioinformatics Laboratory',...
                  'contact', 'jresearcher@lab.not.exist',...
                  'url', 'www.lab.not.exist',...
                  'title', 'Normal vs. Diseased Experiment',...
                  'abstract', 'Example of using expression data',...
                  'other', {'Notes:Created from a text file.'})

MIAMEObj2 = 

Experiment Description:
  Author name: Jane Researcher
  Laboratory: One Bioinformatics Laboratory
  Contact information: jresearcher@lab.not.exist
  URL: www.lab.not.exist
  PubMedIDs: 
  Abstract: A 4 word abstract is available. Use the Abstract property.
  No experiment design summary available.
  Other notes: 
    'Notes:Created from a text file.'

См. также

bioma.data.ExptData | bioma.data.MetaData | bioma.data.MIAME | bioma.ExpressionSet | getgeodata

Документация