bioma.ExpressionSet class

Пакет: биома
Суперклассы:

Содержат данные эксперимента по экспрессии генов микромассивов

развернуть все на странице

Описание

Класс ExpressionSet разработан, чтобы содержать данные эксперимента по экспрессии генов микромассивов, включая значения экспрессии, метаданные выборок и функций, а также информацию об экспериментальных методах и условиях. Он предоставляет удобный способ хранения связанной информации об эксперименте по экспрессии гена микромассивов в одной структуре данных (объекте). Это также позволяет управлять и подставлять данные.

Класс ExpressionSet включает свойства и методы, которые позволяют вам получить доступ, извлечь и изменить данные, метаданные и другую информацию об эксперименте по экспрессии гена микромассива. Эти свойства и методы полезны для просмотра и анализа данных.

Конструкция

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(Data) создает объект ExpressionSet, из Data, числовую матрицу, объект DataMatrix или объект ExptData, который содержит один или несколько объектов DataMatrix с одинаковыми размерностями, именами строк и именами столбцов.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(Data, {DMobj1, Name1}, {DMobj2, Name2}, ...) создает объект ExpressionSet, из Dataи дополнительные объекты DataMatrix с заданными именами элементов. Все объекты DataMatrix должны иметь одинаковые размерности, имена строк и имена столбцов.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'PropertyName', PropertyValue) создает объект с помощью опций, заданных как имя свойства/property значением пар.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'SData', SDataValue) включает объект MetaData, содержащий образец метаданных в объекте ExpressionSet.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'FData', FDataValue) включает объект MetaData, содержащий метаданные функций микромассивов в объекте ExpressionSet.

ExprSetobj = bioma.ExpressionSet(..., 'EInfo', EInfoValue) включает объект MIAME, содержащий информацию об эксперименте, в объект ExpressionSet.

Входные параметры

Data

Любое из следующих:

  • Числовая матрица

  • Объект DataMatrix

  • Объект ExptData, который содержит один или несколько объектов DataMatrix с одинаковыми размерностями

Если вы предоставляете объект DataMatrix, bioma.ExpressionSet создает из него объект ExptData и называет объект DataMatrix Expressions. Если вы предоставляете объект ExptData, bioma.ExpressionSet переименовывает первый объект DataMatrix в объекте ExptData в Expressions, кроме тех случаев, когда другой объект DataMatrix в объекте ExptData уже имеет имя Expressions.

DMobj#

Имя переменной объекта DataMatrix. Каждый объект DataMatrix должен иметь те же размерности, что и Data.

Name#

Вектор символов или строка, задающая имя элемента для соответствующего объекта DataMatrix. Каждый объект DataMatrix в объекте ExpressionSet имеет имя элемента. По крайней мере, один объект DataMatrix в объекте ExpressionSet имеет имя элемента Expressions. По умолчанию это первый объект DataMatrix.

SDataValue

Имя переменной объекта MetaData, содержащего образец метаданных для эксперимента. Имя переменной должно существовать в MATLAB® Рабочая область.

FDataValue

Имя переменной объекта MetaData, содержащего метаданные функций микромассивов для эксперимента. Имя переменной должно существовать в рабочем пространстве MATLAB.

EInfoValue

Имя переменной объекта MIAME, которая содержит информацию о методах и условиях эксперимента. Имя переменной должно существовать в рабочем пространстве MATLAB.

Свойства

NElements

Количество элементов в эксперименте

Положительное целое число, определяющее количество элементов (объектов DataMatrix) в данных эксперимента. Это значение эквивалентно количеству объектов DataMatrix в объекте ExperimentSet. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NFeatures

Количество функций в эксперименте

Положительное целое число, определяющее количество функций в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству строк в каждом объекте DataMatrix в объекте ExperimentSet. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

NSamples

Количество выборок в эксперименте

Положительное целое число, определяющее количество выборок в эксперименте. Это значение эквивалентно количеству столбцов в каждом объекте DataMatrix в объекте ExperimentSet. Эта информация доступна только для чтения.

Атрибуты:

SetAccessprivate

Методы

резюмеНайдите или установите абстрактное описание эксперимента в объекте ExpressionSet
elementDataИзвлечение или установка элемента данных (объекта DataMatrix) в объекте ExpressionSet
elementNamesИзвлечение или задание имен элементов объектов DataMatrix в объекте ExpressionSet
exprWriteЗапись значений выражения в объект ExpressionSet в текстовый файл
выраженияИзвлечение или установка Expressions Объект DataMatrix из объекта ExpressionSet
exptDataИзвлеките или установите данные эксперимента в объекте ExpressionSet
exptInfoИзвлечение или задание информации об эксперименте в объекте ExpressionSet
featureDataИзвлечение или установка метаданных функции в объекте ExpressionSet
featureNamesИзвлечение или установка имен функций в объекте ExpressionSet
featureVarDescИзвлечение или установка описаний переменных функции в объекте ExpressionSet
featureVarNamesИзвлечение или установка имен переменных функций в объекте ExpressionSet
featureVarValuesИзвлечение или установка значений данных переменных функции в объекте ExpressionSet
pubMedIDИзвлечение или установка идентификаторов PubMed в объекте ExpressionSet
sampleDataИзвлеките или установите образец метаданных в объекте ExpressionSet
sampleNamesИзвлечение или задание имен выборок в объекте ExpressionSet
sampleVarDescИзвлечение или задание описаний выборок переменных в объекте ExpressionSet
sampleVarNamesИзвлеките или установите имена переменных в объекте ExpressionSet
sampleVarValuesИзвлеките или установите значения переменных в объекте ExpressionSet
размерВозвращенный размер объекта ExpressionSet

Иерархия образцов

Объект ExpressionSet содержит объект ExptData, два объекта MetaData и объект MIAME. Эти объекты могут быть пустыми.

Признаки

Чтобы узнать об атрибутах классов, см. «Атрибуты класса».

Копировать семантику

Значение. Чтобы узнать, как это влияет на использование класса, см. раздел «Копирование объектов».

Индексация

Объекты ExpressionSet поддерживают индексацию 2-D круглых скобках () для извлечения, назначения и удаления данных.

Объекты ExpressionSet не поддерживают:

  • Точка. индексация

  • Фигурная скобка {} индексация

  • Линейная индексация

Примеры

свернуть все

В этом примере показано, как создать объект ExpressionSet. The mouseExprsData.txt файл, используемый в этом примере, содержит данные Hovatta et al., 2005.

Импортируйте пакет bioma.data, чтобы сделать конструктор доступным.

import bioma.data.*

Создайте объект DataMatrix из файла .txt, содержащего значения выражений из эксперимента с микромассивами.

dmObj = DataMatrix('File', 'mouseExprsData.txt');

Создайте объект ExptData.

EDObj = ExptData(dmObj)
EDObj = 

Experiment Data:
  500 features,  26 samples
  1 elements
  Element names: Elmt1

Создайте объект MetaData из файла .txt.

MDObj2 = MetaData('File', 'mouseSampleData.txt', 'VarDescChar', '#')
MDObj2 = 

Sample Names:
    A, B, ...,Z (26 total)
Variable Names and Meta Information:
              VariableDescription                         
    Gender    ' Gender of the mouse in study'             
    Age       ' The number of weeks since mouse birth'    
    Type      ' Genetic characters'                       
    Strain    ' The mouse strain'                         
    Source    ' The tissue source for RNA collection'

Создайте структуру MATLAB, содержащую данные GEO Series.

geoStruct = getgeodata('GSE4616');

Создайте объект MIAME.

MIAMEObj = MIAME(geoStruct)
MIAMEObj = 

Experiment Description:
  Author name: Mika,,Silvennoinen
Riikka,,Kivelä
Maarit,,Lehti
Anna-Maria,,Touvras
Jyrki,,Komulainen
Veikko,,Vihko
Heikki,,Kainulainen
  Laboratory: LIKES - Research Center
  Contact information: Mika,,Silvennoinen
  URL: 
  PubMedIDs: 17003243
  Abstract: A 90 word abstract is available. Use the Abstract property.
  Experiment Design: A 234 word summary is available. Use the ExptDesign property.
  Other notes: 
    [1x84 char]

Импортируйте пакет биомы, чтобы сделать конструктор доступным.

import bioma.*

Создайте объект ExpressionSet.

ESObj = ExpressionSet(EDObj, 'SData', MDObj2, 'EInfo', MIAMEObj)
ESObj = 

ExpressionSet
Experiment Data: 500 features, 26 samples
  Element names: Expressions
Sample Data:
    Sample names:     A, B, ...,Z (26 total)
    Sample variable names and meta information: 
        Gender:  Gender of the mouse in study
        Age:  The number of weeks since mouse birth
        Type:  Genetic characters
        Strain:  The mouse strain
        Source:  The tissue source for RNA collection
Feature Data: none
Experiment Information: use 'exptInfo(obj)'

Ссылки

[1] Hovatta, I., Tennant, R S., Helton, R. et al. (2005). Глиоксалаза 1 и глутатионредуктаза 1 регулируют беспокойство у мышей. Природа 438, 662-666.

См. также

| | | |

Темы

Документация по Bioinformatics Toolbox

Поддержка

Для просмотра документации необходимо авторизоваться на сайте