Можно выбрать из списка методов анализа, чтобы сравнить нуклеотидные или аминокислотные последовательности с помощью парных или нескольких функций выравнивания последовательностей.
Парное выравнивание последовательности - эффективные реализации стандартных алгоритмов, таких как Needleman-Wunsch (nwalign) и Смит-Уотерман (swalign) алгоритмы для парного выравнивания последовательности. Тулбокс также включает стандартные матрицы оценки, такие как семейства PAM и BLOSUM матриц (blosum, dayhoff, gonnet, nuc44, pam). Визуализируйте сходство последовательностей с seqdotplot.
Выравнивание нескольких последовательностей - Функции для выравнивания нескольких последовательностей (multialign, profalign) и функции, поддерживающие несколько последовательностей (multialignread, fastaread). Существует также графический интерфейс (seqalignviewer) для просмотра результатов выравнивания нескольких последовательностей и ручной корректировки.
Несколько профилей последовательности - Реализации для нескольких выравниваний и скрытых алгоритмов марковской модели (gethmmprof, gethmmalignment, gethmmtree, pfamhmmread, hmmprofalign, hmmprofestimate, hmmprofgenerate, hmmprofmerge, hmmprofstruct, showhmmprof).
Биологические коды - Проверьте буквы или числовые эквиваленты для обычно используемых биологических кодов (aminolookup, baselookup, geneticcode, revgeneticcode).