Sequence Alignment
Сравните нуклеотид или последовательности аминокислот, использующие попарно или несколько функций выравнивания последовательности. Стандартные алгоритмы для попарных выравниваний включают Needleman-Wunsch (nwalign) и Смит-лодочник (swalignАлгоритмы. Можно также выполнить несколько выравнивание последовательности с помощью различных функций, такой как multialign и profalign, и визуализируйте результаты выравнивания в приложении Sequence Alignment. Кроме того, можно использовать скрытую модель Маркова (HMM), чтобы выровнять последовательность запроса к профилю HMM. Выполните поисковые запросы BLAST против известных последовательностей в онлайновых базах данных с помощью различных программ BLAST.
Приложения
| Sequence Alignment | Визуализируйте и отредактируйте несколько выравниваний последовательности |
Функции
localalign | Возвратите локальные оптимальные и субоптимальные выравнивания между двумя последовательностями |
nwalign | Глобально выровняйте две последовательности с помощью алгоритма Needleman-Wunsch |
swalign | Локально выровняйте две последовательности с помощью алгоритма Смита-лодочника |
seqdotplot | Создайте точечную диаграмму двух последовательностей |
seqpdist | Вычислите попарное расстояние между последовательностями |
seqalignviewer | Визуализируйте и отредактируйте несколько выравнивание последовательности |
multialign | Выровняйте несколько последовательностей с помощью прогрессивного метода |
profalign | Выровняйте два профиля с помощью глобального выравнивания Needleman-Wunsch |
seqconsensus | Вычислите последовательность согласия |
seqprofile | Вычислите профиль последовательности от набора умножают выровненные последовательности |
seqlogo | Отобразите логотип последовательности для нуклеотида или последовательностей аминокислот |
hmmprofalign | Выровняйте последовательность запроса, чтобы профилировать использующее скрытое выравнивание модели Маркова |
hmmprofestimate | Оцените параметры скрытой модели Маркова (HMM) профиля с помощью псевдоколичеств |
hmmprofgenerate | Сгенерируйте случайную последовательность, чертившую из скрытой модели Маркова (HMM) профиля |
hmmprofmerge | Отображает набор выравниваний профиля HMM |
hmmprofstruct | Создайте или отредактируйте структуру профиля скрытой модели Маркова (HMM) |
showhmmprof | Постройте профиль скрытой модели Маркова (HMM) |
blastncbi | Создайте удаленный ID запроса отчета BLAST NCBI или соединитесь с отчетом BLAST NCBI |
Темы
Сравните последовательности Используя алгоритмы Sequence Alignment
Определение подобия между двумя последовательностями является общей задачей в вычислительной биологии.
Просмотрите и выровняйте несколько последовательностей
Используйте приложение Sequence Alignment, чтобы визуально смотреть выравнивание кратного и внести ручные корректировки.
Выравнивания последовательности
Можно выбрать из списка методов анализа сравнить нуклеотид или последовательности аминокислот, использующие попарно или несколько функций выравнивания последовательности.
Утилиты последовательности и статистика
Можно управлять и анализировать последовательности, чтобы получить более глубокое понимание физических, химических, и биологических характеристик данных.
