Статистический анализ

Читать сводку и статистический анализ данных RNA-seq и ChIP-seq

Подсчитайте количество чтений, сопоставленных с интересующими геномными признаками. Выполните статистический анализ считанных данных, таких как идентификация дифференциально экспрессируемых генов из данных RNA-seq и проведение анализа факторов транскрипции по всему геному из данных ChIP-seq.

Функции

`cufflinks`	Собрать транскриптом из выровненных считываний
`cuffcompare`	Сравнение собранных транскриптов в нескольких экспериментах
`cuffdiff`	Определение существенных изменений в выражении транскрипта
`cuffmerge`	Объединение сборок RNA-seq
`cuffnorm`	Нормализовать уровни выражений транскриптов
`cuffquant`	Количественная оценка профилей экспрессии генов и транскриптов
`cuffgffread`	Фильтрация и преобразование файлов GFF и GTF
`cuffgtf2sam`	Преобразование файлов GTF в файлы SAM
`mattest`	Выполните t-тест из двух образцов для оценки дифференциальной экспрессии генов из двух экспериментальных условий или фенотипов
`mafdr`	Оценить положительную частоту ложного обнаружения для проверки множественных гипотез
`nbintest`	Непарный тест гипотез для данных подсчета с небольшими размерами выборки
`featurecount`	Вычислить количество операций чтения, сопоставленных с геномными элементами
`metafeatures`	Алгоритм метагена аттрактора для проектирования функций с использованием взаимного информационного обучения
`rankfeatures`	Ранжирование ключевых признаков по критериям разделяемости классов
`randfeatures`	Создание рандомизированного подмножества функций
`knnimpute`	Вычислить отсутствующие данные методом ближайшего соседа
`crossvalind`	Создание индексов для обучающих и тестовых наборов
`classperf`	Оценка производительности классификатора

Классы

`NegativeBinomialTest`	Результат проверки непарной гипотезы
`CuffCompareOptions`	Набор опций для `cuffcompare`
`CuffDiffOptions`	Набор опций для `cuffdiff`
`CuffGFFReadOptions`	Набор опций для `cuffgffread`
`CufflinksOptions`	Набор опций для `cufflinks`
`CuffMergeOptions`	Набор опций для `cuffmerge`
`CuffNormOptions`	Набор опций для `cuffnorm`
`CuffQuantOptions`	Набор опций для `cuffquant`

Темы

Пакеты поддержки ПО инструментария для биоинформатики

Загрузите и установите пакеты поддержки биоинформатики для рабочих процессов NGS.

Документация по инструментарию биоинформатики

Поддержка

Памятка переводчика

1. Если смысл перевода понятен, то лучше оставьте как есть и не придирайтесь к словам, синонимам и тому подобному. О вкусах не спорим.

2. Не дополняйте перевод комментариями “от себя”. В исправлении не должно появляться дополнительных смыслов и комментариев, отсутствующих в оригинале. Такие правки не получится интегрировать в алгоритме автоматического перевода.

3. Сохраняйте структуру оригинального текста - например, не разбивайте одно предложение на два.

4. Не имеет смысла однотипное исправление перевода какого-то термина во всех предложениях. Исправляйте только в одном месте. Когда Вашу правку одобрят, это исправление будет алгоритмически распространено и на другие части документации.

5. По иным вопросам, например если надо исправить заблокированное для перевода слово, обратитесь к редакторам через форму технической поддержки.