Для извлечения информации из данных можно использовать набор методов анализа белка. Можно определить характеристики белка и смоделировать реакции расщепления фермента. Инструментарий предоставляет функции для вычисления различных свойств белковой последовательности, таких как атомарный состав (atomiccomp), молекулярная масса (molweight) и изоэлектрическую точку (isoelectric). Можно расщепить белок ферментом (cleave, rebasecuts) и создать графики расстояния и Рамачандрана для данных PDB (pdbdistplot, ramachandran). Панель инструментов содержит графический интерфейс пользователя для анализа белка (proteinplot) и построение графика 3-D белковых и других молекулярных структур с информацией из файлов моделей молекул, таких как файлы PDB (molviewer).
Утилиты аминокислотной последовательности - Расчет аминокислотной статистики для последовательности (aacount) и получить информацию о кодах символов (aminolookup).